下轄
1、第3艦隊司令部，負責太平洋東部，總部在加利福尼亞洛馬角基地。
2、第7艦隊司令部，負責太平洋西部和印度洋東部，總部在日本橫須賀。這也是中國直接面對的對手。
二、美國艦隊部隊司令部（United States Fleet Forces Command，即原來的大西洋艦隊司令部，2001年10月1日即已正式更名）
原來的作戰部隊為第2艦隊，2011年9月剛剛解散，目前僅直轄第20特遣部隊。總部在弗吉尼亞的諾福克基地。
三、美國海軍南方司令部（U.S. Naval Forces Southern Command）：
下轄第4艦隊（2008年剛剛成立），負責整個南美洲，司令部在佛羅裏達梅波特基地。
四、美國海軍歐洲司令部（U.S. Naval Forces Europe）
下轄第6艦隊，負責整個歐洲和非洲，司令部在意大利加埃塔。
五、美國海軍中央司令部（U.S. Naval Forces Central Command）
下轄第5艦隊，負責波斯灣、紅海、阿拉伯海，以及肯尼亞以北的非洲東海岸，司令部駐巴林的麥那麥。
六、美國海軍網絡司令部（U.S. Fleet Cyber Command）
下連第10艦隊（這是正式的番號，但實際上無艦艇，只是信息戰部隊）