所用的儀器為毛細管電泳儀。正文中凡采用毛細管電泳法測定的品種，其所規定的測定參數，除分析模式、檢測方法(如紫外光吸收或熒光檢測器的波長、電化學檢測器的外加電位等)應按照該品種項下的規定外，其他參數如毛細管內徑、長度、緩沖液的pH值、濃度、改性劑添加量、運行電壓或電流的大小、運行的時間長短、毛細管的溫度等，均可參考該品種項下規定的數據，根據所用儀器的條件和預試驗的結果，進行必要的調整。
電極槽和毛細管內的溶液為緩沖液，可以加入有機溶劑作為改性劑，以及加入表面活性劑，稱作運行緩沖液。運行緩沖液使用前應脫氣。電泳譜中各成分的出峰時間稱遷移時間。膠束電動毛細管色譜中的膠束相當於液相色譜的固定相，但它在毛細管內隨電滲流遷移，故容量因子為無窮大的成分最終也隨膠束流出。其他各種參數都與液相色譜所用的相同。