（壹）主要病害
目前尚未發現對產量有重大影響的病害。通常苗木病害有根腐病、莖腐病、幹枯病等，但只要栽培管理措施得當，如合理施肥、改善排水條件、防止冬春低溫寒害和夏秋高溫灼傷等，可減少這些病害發生。成齡樹的病害有流膠病、根腐病等，病因未明，但亦應重視。
（二）主要蟲害
已發現海南島的腰果害蟲有40余種，分別為害幹、枝、葉、嫩梢、花、果等部位。其中咖啡皺胸天牛、茶角盲蝽、蛀果斑螟對腰果生產構成很大威脅，是海南最主要的腰果害蟲。
1.咖啡皺胸天牛（Plocaederus obesus Gahan.）
又稱咖啡胖天牛，危害腰果的主幹和主根。成蟲多產卵於離地1m以內莖幹樹皮縫隙處，孵化後，幼蟲鉆進樹幹蛀食，被害處流膠並有蟲糞排出。被害後期葉片變黃脫落，樹皮開裂剝離，枝杈幹枯，嚴重時植株死亡。
防治
在高接換冠改造低產樹的果園中，咖啡皺胸天牛危害率驚人地增加。為減少天牛危害，截幹時應在截留樹幹上刷石灰水，在鋸口塗抹瀝青或拌有殺蟲粉劑的牛糞泥漿。
2.茶角盲蝽（Helopeltis fasciaticollis Poppius）
又名茶葉盲蝽，成蟲和若蟲吮吸嫩枝、葉片、花枝和發育中的果梨、堅果的液汁。受害嫩葉和葉片幹枯，受害幼果則出現斑點，最後枯萎脫落，危害花序則導致花序疫病。大發生季節，花序和嫩梢被害率可達30%～60%，最高達90%以上，防治不及時，往往造成失收。在海南省，茶角盲蝽年發生12代，世代重疊。
防治
每年10～12月定期調查果園盲蝽發生情況是防治工作的關鍵。11～12月份之後，盲蝽開始加速繁殖，必須全面掌握中心蟲株情況，及時噴藥滅蟲。第壹次噴藥後10d，最好對原蟲株再噴壹次藥，以後仍需密切監視蟲情發展，壹經發現新蟲株，應立即防治。有效藥劑有20%速滅殺丁2000倍液，樂敵混劑（40%樂果+80%敵敵畏）1200倍液均有良好效果。修枝、疏伐等措施也有利於防治盲蝽。
3.蛀果斑螟（Nephopteryx sp.）
危害果梨、堅果、花序及嫩梢。被害部位有蟲糞粘積是果螟危害的突出特征。幼蟲大多從果梨和堅果的聯接處蛀入取食，造成果實中空。
防治
化學防治的適期通常在3月中、下旬噴第壹次藥。20%速滅殺丁或2.5%敵殺死2000倍液，40%氧化樂果或25%殺蟲雙1000倍液均有效。