質粒小提的原理和提取過程中的註意事項如下：
質粒提取中，要用新鮮的菌液，可以多次提，處於對數期的菌質粒提取率最高，過度培養的菌可能存在菌死亡有雜質，細菌老化且DNA降解，菌液量也要適當，不然容易裂解不充分，嚴重影響得率和純度。
質粒提取中，P1 要懸浮好菌體，要低溫保存，不然也影響質粒提取效率，P2裏有SDS和氫氧化鈉，是利用強堿來裂解DNA並釋放質粒，所以時間不能太長，且要溫和的顛倒混勻，且不能超過5min，否則可能把DNA也裂解成短片段分子，從而混雜在質粒中。
加入P3，操作多個樣品時，最好每加壹管就混勻壹管，P3加入後能恢復pH，產生的絮狀塊狀沈澱主要是蛋白質，被裂解的質粒仍然能還原，但DNA不能。離心後如果還有蛋白懸浮物，可以再次離心，或者延長離心時間。
WB最好pH為7.5，洗脫時最好將移液槍斜著加入，可以去除管壁鹽分，避免直接垂直加對覆膜有影響，以免降低抽提效率，也可延長洗脫時間，增加洗脫效果。
提取質粒的說明
P1中葡萄糖增大粘度，減少機械剪切力，防止DNA 斷裂並保證菌體懸浮；EDTA是螯合劑，與金屬離子結合，尤其是鈣鎂離子，降低DNase對DNA的降解。
P2中NaOH與SDS可裂解細胞，並使DNA、蛋白變性並形成交聯網狀結構而沈澱去除，堿性太強，所以不能時間太長，沒必要靜置，也不要劇烈震蕩，斷裂的基因組DNA碎片很可能會和質粒混在壹起。