醫用超聲波清洗機根據其清洗具體物件的不同要求而具有不同的配置，可以分為單槽醫用超聲波清洗機、雙槽醫用超聲波清洗機（超聲波清洗槽、超聲波漂洗槽）、三槽醫用超聲波清洗機（超聲波清洗槽、超聲波漂洗槽、幹燥箱）、四槽醫用超聲波清洗機（超聲波清洗槽、超聲波漂洗槽、浸油煮沸槽、幹燥箱）和五槽（預浸槽、超聲清洗槽、超聲漂洗槽、浸油煮沸槽、幹燥箱），單槽超聲波清洗機又分為臥式和臺式兩種型號。壹般的臺式常用的型號有DYQC-13/DYQC-25/DYQC-35等型號，臥式的主要以DYQC-52/DYQC-69/DYQC-86為常見型號。
每壹種分類裏面又可以分很多型號，由於各個生產商型號的不同，主要的區分方法是采用超聲波清洗機的最大功率和體積來區別。臺式機是以單槽1000W以下的超聲功率,超出1000W的超聲波清洗機為落地壹體式，醫院通常采用帶輪子的壹體式單槽和多槽超聲波清洗機。
1、醫用單槽超聲波清洗機。主要實現單壹的清洗功能，需要配套煮沸、烘幹等設備，壹般適用於口腔科，檢驗室，消毒中心，手術室等科室的手術器械，牙科手機，檢驗容器，玻璃片，試管，生化檢驗器皿，註射器，瓶類盤類容器等高清潔度的高效率超聲波清洗。
2、醫用多槽超聲波清洗機。是在單槽清洗的基礎上，增加了清洗工序,壹般設有預浸槽，清洗槽、漂洗槽、煮沸箱、烘幹箱等，適用於內窺鏡手術器械（各種軟式、硬式內鏡及附件）、活檢鉗、切刀、高頻電刀、碎石器、異物鉗、細胞刷、導絲、造影導管和手術室手術器械高清潔度的高效率超聲波清洗。
3、醫用全自動超聲波清洗機。設定程序後，自動完成加酶浸泡、超聲清洗、超聲漂洗、噴淋、自動上油、熱風幹燥等工藝流程，整個過程無需人工幹預。主要適用於醫院大批量器具進行清洗消毒，可以大大提高工作效率，降低工作人員的勞動強度.