NIH的根本任務就是合理使用納稅人的錢支持生物醫學研究，因此，NIH需要根據其資助策略制定合理的基金分配及預算方案。其中約82% 的預算用於NIH 的院外研究項目(extramural research program)，系通過基金或協議的方式資助美國國內外2000余個研究機構；10% 的預算用於NIH的院內研究項目(intramural research program)，資助NIH內部直屬實驗室的2 000余項研究項目；另有約8% 左右的預算作為院內院外研究項目的***同基金。NIH的院內研究項H歸院內研究處管轄，負責所有與院內研究、培訓、技術轉讓有關的政策法規、審核、立項、實施管理及實驗室、臨床醫院之間的協調等。
NIH的院外研究項目由院外研究處管理，負責NIH基金政策的制定、實施等。對NIH以外的研究機構主要有三種資助方式：基金(grants)、合作協議(cooperative agreements),和約(contracts)。基金是最主要的資助方式， 支持各種與人類健康相關的研究項目和培訓計劃，壹般由申請者個人提出研究日標，經評審通過後獲得基金支持， 資助年限l～5年， 資助機構不參與項目的研究過程；合作協議則事先由資助機構對研究計劃提出相應規定並發布特別申請須知ra specific request for applications，RFA)，有時為了激發科學家對某些特殊領域的興趣，還會發布項目聲明(a program announcement，PA)；研究與
開發(research and development，R&D)合同則是資助學術機構、非盈利性或商業性機構就NIH感興趣的特殊領域進行研究和開發，例如，抗乳腺癌和卵巢
癌的化療藥物Taxol(泰素)的研發就是NIH簽署的眾多協議之壹 。
NIH的研究基金(the NIH research grant budget)分四種：研究項目基金(research project grants，RPGs)、研究中心基金(research center grants)、小業創新研究壹小企業技術轉讓基金(small business innovative research—small business technology transfer grants．SBIR—SBTTG)及其他研究基金(other research grants)。 重點資助科學家的個人申請項目，從分子、細胞生物學研究到新藥研發均在其資助範圍之內。包括RC1、R01、R03、R15、R21(CAN423702及423825除外)、R22、R23、R29、R33、R35、R37、R55、P01、P42、UC1、U19及自1980財政年度至今的MGMSP4l基金； 自1993財政年度至今的UO1基金。不包括NLM 基金、1990財政年度之前的NCRR和1986財政年度的NCNR基金。其中最主要的基金是
R01；有的RPGs稱為項目計劃基金(program project grants)， 旨在資助多學科交叉領域的研究， 由多個專家參與，各負責壹個問題的研究。
R01：研究計劃基金壹壹Research ProjectGrants，資金下撥到美國國內外各研究機構， 資助科學家個人的研究項目，是NIH資助的主要方式。
R03：小額基金— — Small Grants，資助前期或短期研究項目。
R09：學術評審基金——Scientific Evaluation，作為申請書初評小組主席的活動經費。
R13：會議基金—— Conference Grants， 旨在資助與研究項目相關的會議交流。
R1 5：學術研究加強基金— — Academic Research Enhancement Awards，資助小規模創新性研究或研究技術的開發或對前期工作結果的進壹步分析。
R1 8：研究成果驗證與推廣計劃—— Research Demonstration and Dissemination Projects，資助保健措施的研究開發、檢測和健康知識的推廣應用。
R21：探索，發展基金I—— Exploratory/Developmental Grants Phase I，有期限和水平要求， 旨在鼓勵對特定領域進行創新性研究，申請必須符合R21項目的RFAs和PAs要求。
R24：資源相關研究計劃—— Resource—Related Research Projects，資助對已有的研究資源在生物醫學領域進行開發利用。
R33：探索，發展基金II— — Exploratory，Developmental Grants phase II，屬II期資助基金，用於對原有的R2l項目進行更深入的創新性、探索性研究， 申請人必須是R21基金獲得者， 申請要符合R21項目的RFAs和PAs要求。
R34：臨床試驗計劃基金—— Clinical Trial Planning Grant，資助臨床試驗的初期工作， 如成立研究隊伍、研發數據處理工具、設計實驗流程等。
R37：研究拓展長期資助基金—— Method to Extend Research in Time(MERIT)Awards，對成就突出的科學家的長期資助，初期為5年，之後可繼
續資助3—5年。名額有限， 由NIH的顧問及管理人員選定被資助人。
R41和R42： 小企業技術轉讓基金— — Small Business Technology Transfer(STTR)Grants， 旨在資助小企業與研究機構之間的R&D合作計劃， 是
由國會直接制定的資助項目， 同SBIR。也分兩期進行資助，I期基金(R41)系可行性投資：II期基金(R42)系對產品的進壹步開發。
R43和R44：小企業創新研究基金— — Small Business Innovation Research(SBIR)Grants， 旨在資助小企業與研究機構之間的R&D合作計劃，是
由國會直接制定的資助項目，分兩期進行資助，I期基金(R43)系實驗性投資，對研究項目是否可轉化為商業產品進行技術和可行性分析；II期基金(R44)系對項目的進壹步開發。 (fellowship programs)
F3 1： 少數民族及殘疾人博士前個人研修基金 Individual Predoctoral National Research Service Award(NRSA)Fellowships for Minority Students and Students with Disabilities。
F32：博士後個人研修基金 Postdoctoral Individual National Research Service Awards(NRSA)。
F33：資深研究人員國家研修基金 NationalResearch Service Awards for Senior Fellows(NRSA)，
資助對象為有經驗的研究人員， 旨在促進其研究事業的發展，培養良好的學術背景和研究技能。
F35：NIH院內研究項目中的博士後個人基金 Intramural National Research Service Awards (NRSA)Individual Postdoctoral Program。 (research career programs)
K01：科學家研究與培訓發展基金—— Research Scientist Development Awards Research and Training， 旨在資助科學家的技能培訓和事業發展。
K02-獨立科學家基金 Independent Scientist Awards，資助剛開始獨立主持研究工作的科學家和臨床醫生，替代了原有的K02和K04基金。
K06：研究事業基金 ResearchCareerAwards。各研究所對優秀研究人員的研究事業進行的資助。
K08~臨床科學家發展基金 Mentored Clini．cal Scientist Development Awards，期限3～5年，替代了原有的K08、K11和K15基金。
K22：研究學者發展基金 Research ScholarDevelopment Award，資助學術研究機構博士後人員向助理教授發展的啟動基金。
K23： 臨床研究事業發展基金 Mentored Patient-Oriented Research Career Development Award，旨在資助從事臨床研究的青年科學家。
K24：中年資研究人員臨床研究基金 Midcareer Investigator Award in Patient．Oriented Research，資助中等年資的科學家繼續從事臨床研究並指導青年醫生。
K25： 定量研究事業發展基金 MentoredQuantitative Research Career Development Award，資助生物醫學領域以外的、有良好學術背景和工程學背景的低年資研究人員，旨在促進交叉領域的研究。
K30：臨床研究路線基金— — Clinical Research Curriculum Award，資助目前尚未開展的新臨床研究項目或拓展現有的研究項目。 (research and development related contracts)
NO1：研究與發展合同— — Research and Development Related Contracts，資助科學研究所需的新產品或技術的研發。 (research program projects and centers)
P0 1：研究項目計劃壹壹Research Program Projects，資助對象為首席科學家牽頭的跨學科、多領域長期研究項目。
P30：研究中心核心基金壹壹Center Core Grants，資助研究方向相同的跨學科研究團隊。
P50：特殊研究中心計劃壹壹Specialized Centers，資助對象為從基礎到臨床的各R&D合同項目。 (training programs)
TU2：NIH院內研究機構國家研究輔助基金Institutional National Research Service Award With Involvement of NIH Intramural Faculty(0D)，針對T32項目，資助研究機構為人才短缺的特殊領域的大學生及博士後研究人員提供技術培訓。
T32-研究機構國家研究輔助基金—— Institutional National Research Service Awards(NRSA)，資助學術機構對博士前及博士後人員進行培訓。T35-NRSA短期研究個人培訓基金—— NRSAShort-Term Research Training Awards (cooperative agreements)
U01：研究計劃合作協議— — Research Projects Cooperative Agreements，與基金相似，系NIH對基金獲得者的附加投資，從而NIH也成為研究計劃的參與者。
Ul9：研究項目合作協議— — Research Programs Cooperative Agreements，旨在資助目標相同的多個研究計劃進行跨學科、長期合作。
U24：資源相關性研究計劃合作協議— — Resource—Related Research Projects Cooperative Agreements，系對多方投資研究項目的附加資助，
旨在加強相關研究資源在生物醫學研究中的應用。
U43：SBIR合作協議I期— — Small Business Innovation Research(SBIR)Cooperative Agreements Phase I，系對小企業與研究機構間R&D合作計劃的附加資助。I期基金系實驗性投資， 對研究項目是否可轉化為商業產品進行技術和可行性分析。
U44：SBIR合作協議II期—— Small Business Innovation Research(SBIR)Cooperative Agreements Phase II，系對小企業與研究機構間R&D合作計劃的附加資助。II期基金系對項目的進壹步開發。
U54：特殊研究中心合作協議—— Specialized Centers Cooperative Agreements，資助從基礎到臨床的跨學科生物醫學研究。
U56：探索基金合作協議— — Exploratory Grants Cooperative Agreements，用於對新項目或已有研究項目的深入研究或跨學科項目的可行性研究。
UC1：NIH挑戰基金及參與者項目基金II期 NIH Challenge Grants and Partnerships Program Phase II，Cooperative Agreements(NIAID)， 旨在資助NIH與國內外研究機構間的合作，加速生物醫學或生物技術領域R&D研究成果在傳染性疾病方面的應用。 (interagency intra agency agreements)
Y01：NIH代理間協議— — NIH Interagency Agreements，資助HHS以外的政府機構進行研究或特殊產品開發。
Y02：NIH代理內部協議—— NIH Intra—agency Agreements，資助NIH內部其他機構或HHS其他部門進行研究或產品開發。 NIH有壹套嚴格而成熟的評審體系(the peer review system)，分兩個層次(二級評審制度)， 申請書的學術評審與基金資助是分別獨立進行的。申請書填寫完畢後先送交NIH的科學評審中心(the Center for Scientific Review，CSR)， 由CSR的工作人員根據申請書的研究內容等選擇最適宜的初評專家小組和最對口的資助研究所或研究中心， 並進行編號， 然後送往相應領域的科學評審小組(Scientific Review Groups，SRGs，或study sections)，就其科學性和技術問題進行審核。SRGs是申請書評審的主要負責部門，是該評審系統的核心，主要
由各研究領域或醫學專業著名的非政府科學家組成，成員壹般16～20人， 由相應的科學評審管理官員(scientific review administrator，SRA)負責管理。
目前，CSR大約有125個SRGs， 負責大多數個人申請項目(如R01)的評審。各評審專家在會審之前要對每份申請書單獨審閱，其中2～3位專家還要求準備書面意見。對申請1=；的評審主要有以下幾方面的標準：項目的重要意義、項目的創新性、研究方法與研究目標的符合性、申請人的資格及工作背景、工作條件和學術環境。對於非常有競爭力的近半數申請書會做進壹步的充分討論，並就其學術性給予定量評分。評審的第二步是送交NIH各研究所或研究中心的國家顧問委員會(the National Advisory Boards or Councils)。委員會由科學家和關註健康問題的各界代表組成，成員壹般12~18人，對通過壹審的申請書就其整體水平、研究目的、資助單位的基金預算及SRGs的壹審意見進行全面審核。R&D合同基金申請書的內容必須符合RFP(the request for proposa1)中政府所作的規定， 因此，其評審過程與普通申請書不同，要經過多方審閱。壹般先由各研究所的項目管理人員，根據院外顧問專家的意見生成初步研究計劃，經NIH的項目管理人員完善後才形成正式RFP，就申請人應該完成的工作做出明確規定。為了讓科學界盡可能廣泛地了解情況，通常會刊登在《每日商報》(the Commerce Business Daily)或通過其他渠道公示。申請書上報後， 由非政府科學家組成的技術評審小組， 根據RFP的要求對其進行審核。根據評審專家的意見及NIH管理人員的意見決定申請者是否具有競爭力，是否需要進行面審。面審後， 申請者要重新提交最後的、最佳修改方案，只有最符合政府要求的方案才可得到資助。極少數情況下，各研究所也會對符合NIH特殊項目要求的非招標申請書進行資助。對NIH院內研究項目、計劃和申請人的評審則由相應的科學顧問理事會(Boards of Scientific Counselors)負責。理事會由各研究領域成就卓著的非政府科學家組成，對在研項目、申請項目及NIH科學家的_[作和成績進行評價。理事會肩負雙重責任，不僅要對研究項目和研究人員進行專業學術評估，對各研究所的院內工作也要給予綜合評價。從遞交申請書到最終確定資助對象要經過上述兩級評審過程，壹般至少需要9個月的時間，特殊情況下最快也要6個月。從法律上講， 任何項目必須通過二審才可資助。二審後， 申請人可能會得到資助通知， 也可能允許修改後再次申請。日前NIH的資助率為1/3。除了對申請書進行評審之外，會審專家組的另壹任務是在評審結束後將各領域的相對資助率進行綜合， 平衡各研究領域的資助力度， 因而，每個會審專家組的組成和變化都會對NIH各資助領域產生重要影響，正因為如此，NIH對會審專家組的任何變動都持極為謹慎的態度。每年NIH大約要評審43 400份研究和培訓項目。據最新數據顯示，NIH 正在資助的項目多達46 700項，涉及美國國內外各主要大學、醫學院校和其他研究及培訓機構。
NIH的評審系統： 申請人提交申請書，每年大約有35000份——評審專家就申請書的學術問題進行審閱——評審專家及公眾代表對申請書進壹步審核，確定資助對象——最終僅32% 的申請人能夠最終獲得資助。
院內研究項目占NIH 總預算的少部分，限NIH 內部使用。主持NIH 院內研究的主力軍都是世界壹流的科學家， 他們跨院所、跨學科相互合作，在NIH的實驗室裏自由探索科學問題， 內容涉及生物學基礎、行為學研究、疾病治療等各個方面。NIH的院外研究項目遍布美國各州及國外最重要的大學和醫學院校，研究領域涉及生物醫學的各個方面。
目前，從事NIH院外和院內研究項目的雇員***有18 000名， 院內職員主要包括院內科學家、醫生、牙科醫生、獸醫、護士、實驗室工作人員、行政管理人員、其他輔助人員及不斷更新的進修研究人員，其中4 000多人是專業科研人員。科學的進步主要依靠科學家的努力，因此，NIH對研究人員的培訓投以巨資，現在仍有大約50000名傑出的研究人員正在接受博士研究生(research doctorate degrees)的培訓。