酵母雙雜交法的原理：
典型的真核生物轉錄因子， 如GAL4、GCN4、等都含有二個不同的結構域： DNA結合結構域(DNA-binding domain)和轉錄激活結構域(transcription-activating domain)。
前者可識別DNA上的特異序列， 並使轉錄激活結構域定位於所調節的基因的上遊， 轉錄激活結構域可同轉錄復合體的其他成分作用， 啟動它所調節的基因的轉錄。
擴展資料：
酵母雙雜交系統能在體內測定蛋白質的結合作用， 具有高度敏感性。主要是由於：
1、采用高拷貝和強啟動子的表達載體使雜合蛋白過量表達。
2、信號測定是在自然平衡濃度條件下進行， 而如免疫***沈澱等物理方法為達到此條件需進行多次洗滌，降低了信號強度。
3、雜交蛋白間穩定度可被激活結構域和結合結構域結合形成轉錄起始復合物而增強， 後者又與啟動子DNA結合， 此三元復合體使其中各組分的結合趨於穩定。
4、通過mRNA產生多種穩定的酶使信號放大。同時， 酵母表型， X-Gal及HIS3蛋白表達等檢測方法均很敏感。
在研究蛋白質的結構功能特點、作用方式過程中，有時還要通過突變、加抑制劑等手段破壞蛋白質間的相互作用。針對實際工作中的這種需要,Vidal等人發展了所謂的逆雙雜交系統（reverse two-hybrid system）。
這項技術的關鍵是報道基因URA3的引入。URA3基因在這裏起到了反選擇的作用，它編碼的酶是尿嘧啶合成的關鍵酶。
百度百科——酵母雙雜交