明末清初 ，閩中長樂、福清壹帶流行著壹種由農民業余組班演唱的民間小戲，因在地坪上圍著草索演出，人們稱之為“地下坪”、“牽草索”。這種演出活動，後來與外來戲班藝人結合，並以江西弋陽腔融合當地民歌俗曲形成的“江湖調”作為主要唱腔曲調，人稱“江湖班”。當時演出的劇目有大戲36，小戲72，大都來自弋、昆諸戲。在閩東北福安、寧德壹帶，當時也出現了壹種以“江湖”和飏歌為主要唱腔曲調的“平講班”（“平講”，意即用方言演唱）。所演劇目多移植“江湖戲”，或據民間故事編演，如《雙金花》、《贈白扇》、《紅裙記》等。後來，原用“正音”（官話）演唱的“江湖班”，也改用平講（方言）演唱，漸與“平講班”合流，同時又吸收了“嘮嘮班”（指當地人認為嘮叨難懂的昆腔、徽戲等外來戲班）的部分唱腔，形成了以“平講”為主，與“江湖”、“嘮嘮”三者合壹的班社。
在福州還流行著壹種“儒林戲”，起自明萬歷年間，以外來聲腔結合俗曲俚歌所創的“逗腔”為主要唱調。清光緒年間已有13家“儒林班”，盛行壹時，劇目大多出自文人手筆，如《紫玉釵》、《墦間祭》等。辛亥革命後，“儒林班”逐漸與“平講班” 、“嘮嘮班”三者合壹，形成了“閩班”，即今之閩劇。
民國初年，滿族達官貴人紛紛離閩，他們往日所帶徽班，因失去支持而迅速衰落。在福州的徽班藝人開始流散民間。他們大部分轉入“前三合響”班，或當演員，或當師傅，或當樂工。如徽班“三慶班”的來寶、鳳寶、老寶、起寶、怪寶、國寶等藝人與“三連福班”的周成章等分別加入儒林三合響班與平講三合響班。隨著大批徽班藝人滲入閩班，帶進了徽劇的?腔(俗稱嘮嘮腔)以及徽劇的劇目與表演技藝，所以此時的“三合響”，稱“後三合響”。從此，在福州正式形成以儒林戲的逗腔為主，綜合平講戲的洋歌、江湖戲的江湖調與民間小調及徽調等多種聲腔的閩劇，民間俗稱“福州戲”。隨後，在報刊上便出現“閩劇”名稱。
“閩劇”壹詞最早出現在民國12年(1923年)，閩班“三賽樂”赴上海演出時，觀眾有在口頭上稱“閩班”為“閩劇”。翌年(民國13年)7月，商務印書館在出版的《考證註釋紫玉釵》劇本中，有“其曲文樂譜，在閩劇中，均居最上乘”的記載。民國26年(1937年)，在福州成立“福建省閩劇改良會”，並於同年6月10日，創辦該會刊物《閩劇月刊》。20世紀20年代至30年代，是閩劇歷史上的鼎盛時期，在福州城裏有名的戲班就有“舊賽樂”、“新賽樂”、“三賽樂”、“善傳奇”、“賽天然”、“慶天然”等，群眾稱為“三樂壹奇兩頭羊”(福州話“然”與“羊”同音)；另外，還有“賽月宮”、“群芳”、“天仙”等女班。這些班社規模大、劇目多、行頭新，均有壹批名藝人作臺柱。如舊賽樂班的武生陳春軒，花旦黃蔭務、陳杏芬，三花林趕三等；賽天然班的花旦馬秋藩(官)、小生李銘玉、三花林務夏等；新賽樂班的花旦曾元藩(官)、林貞官，武三花吳普官等；三賽樂班的花旦傅依儂、林芝芳，小生林芝卿、謝依桃等；善傳奇班的花旦鄭奕奏，小生關長勝等；新國風班的名旦薛(良藩)、馬(秋官)等。其中“鄭(奕奏)、曾(元官)、薛(良藩)、馬(秋官)”被稱為閩劇早期“四大名旦”。鄭奕奏在這壹時期先後主演了《新茶花》、《孤兒血》、《黛玉葬花》、《紫玉釵》、《孟姜女》、《秦香蓮》、《百蝶香柴扇》、《釵頭鳳》、《杜十娘》、《梁山伯與祝英臺》、《救國救民》、《邱麗玉》、《箱屍案》、《鳳陽花鼓》、《萬花蓮船》、《浪子魂》等大小100多個劇目，成功地塑造了林黛玉、秦香蓮、霍小玉、孟姜女、杜十娘、林英姐、祝英臺等數十個不同時代，不同年齡、不同身份、不同遭遇的悲劇女性形象。他在繼承閩劇傳統“逗腔”唱法的基礎上，創造出獨特的唱腔風格，總結出“素、凈、休”與“快、緊、收”六字舞臺表演藝術經驗，形成“鄭派藝術”，被譽為“福建梅蘭芳”。民國26年(1937年)7月，著名文學家郁達夫來閩，慕名觀看鄭奕奏演出《秦香蓮》後，感動不已，題詩七絕二首以贈。此外，鄭奕奏的表演藝術還得到周恩來總理與京劇藝術大師梅蘭芳的高度贊賞。
這壹時期，閩劇戲班還前往臺灣和海外演出。民國11年(1922年)，舊賽樂班首開赴臺演出先聲。接著每隔壹二年便有壹個新戲班前往巡回公演，有的時間長達壹年之久。其地點主要在臺北、臺中、基隆、高雄、嘉義、彰化、新竹、鬥南、雲林等地。演出劇目主要有《嶽飛》、《夜光杯》、《紫玉釵》、《孟姜女》、《萬花蓮船》、《邱麗玉》、《閻瑞生》等。著名武生陳春軒曾四次赴臺演出，被譽為“活趙雲”，臺胞曾先後贈給他8枚金質獎牌和兩面錦旗。
民國16年(1927年)6月，群芳女班赴新加坡演出，揭開閩劇出國演出的新頁。該班演員全系20來歲的女青年，扮相俊美，唱腔甜潤，加上演出劇目《靈芝草》、《燕夢蘭》、《金指甲》等多以女性為題材，因而很受海外觀眾歡迎。壹些女演員被挽留客居當地，把閩劇藝術的種子傳到異國他邦。同年8月，上天仙班到新加坡演出。民國17年(1928年)1月，“新賽樂”到馬來亞、新加坡和印度尼西亞演出，時間長達3年之久，民國20年(1931年)才回國。演出劇目有《五子哭墓》、《安安送米》、《齊婦含冤》、《陳靖姑》、《鐵公雞》、《鐵籠山》、《古城會》、《四傑村》、《三岔口》、《九江口》等本戲和連臺戲。
20世紀40年代，抗日戰爭全面爆發，民國30年(1941年)和33年(1944年)，福州兩度被日本侵略軍占領，交通斷絕，經濟破產，戲班解體，藝人星散，著名藝人鄭奕奏流落閩北山區，閩劇藝術因而衰落。
中華人民***和國成立後，閩劇獲得新生。50年代至“文化大革命”前，閩劇出現新的繁榮時期。1952年，閩劇赴京參加全國第壹屆戲曲會演，演出經過整理的傳統劇目《釵頭鳳》，榮獲演出二等獎，李銘玉、郭西珠分獲演員壹、二等獎。1954年9月，閩劇代表隊赴上海參加華東區戲曲會演，演出《煉印》、《荔枝換絳桃》、《漁船花燭》等劇目，其中《煉印》獲創作壹等獎、優秀演出獎，林趕山、林務夏、李銘玉、郭西珠等獲演員壹等獎，該劇於1955年被拍成電影。1959年，鄭奕奏應印度尼西亞福清“玉融公會”僑胞的邀請，赴雅加達、萬隆、泗水等地為華僑子弟傳授閩劇傳統劇目《紫玉釵》、《孟姜女》、《梅玉配》、《釵頭鳳》、《鳳陽花鼓》等。
“文化大革命”期間，閩劇受到嚴重摧殘，劇團被解散，藝人下放勞動，藝術資料及服裝道具遭焚毀。直到“文化大革命”結束後，閩劇才開始逐漸恢復。
20世紀80年代，福建省提出“振興閩劇”的口號，新創作的劇目不斷湧現，諸如《洪武鞭侯》、《草人護筍記》、《曲判記》、《蔡夫人》、《陶小蘭》、《林則徐充軍》、《魂斷燕山》、《天鵝宴》、《丹青魂》、《拜石記》、《禦前侍醫》等壹大批佳作在歷屆戲曲會演與活動中獲獎。其中《天鵝宴》與《丹青魂》獲文化部頒發的“文華獎”，《天鵝宴》的主要演員林友泉獲“文華表演獎”。並先後於1991年冬與1992年秋晉京演出，被認為是“藝壇千秋壹典型”的盛事。同時，第三代的中青年優秀演員茁壯成長，在歷屆戲曲會演與中青年演員比賽中，均有獲獎。其中有榮獲“全國三八紅旗手”的胡奇明；有當選為全國人大代表的李少華；有當選為全國政協委員的林瑛；有被評為“福州十大傑出青年”的張建斌；有獲全國第十屆梅花獎的陳乃春等。
從1984年至1991年，福州閩劇院壹團、福清縣閩劇團、福建省閩劇實驗劇團、福州閩劇院紅旗閩劇團先後出訪新加坡、日本和香港地區，演出《煉印》、《林則徐充軍》、《珍珠塔》、《蔡夫人》、《曲判記》、《門檻刀痕》、《漁女狀元》、《魂斷燕山》等壹批優秀傳統劇目與新編古裝戲。自1989年起，福州市每年都舉辦民間職業劇團展演。1992年5月舉辦“閩劇三小”(劉小琴、李小白、董小狐)從藝60周年慶賀會。同時，福建省文化廳、福建省藝術研究所聯合為鄭奕奏舉辦從藝80周年慶賀會。
1993年，閩劇《紅羅衫》和《孫權與張昭》在參加首屆海峽兩岸(閩臺)戲劇節暨福建省第19屆戲劇會演中獲劇目、導演、音樂、舞美等獎項。1994年5月至6月，福州閩劇院壹團應臺北華榕音樂有限公司的邀請，赴臺北、臺中、臺南、基隆、馬祖等地演出《三搜幻化庵》、《碧玉簪》、《珍珠塔》等。這是閩劇時隔45年後首次赴臺，是大陸第壹個藝術團體獲準在馬祖島演出。1995年10月至11月，福建省閩劇實驗劇團應臺灣省福州十邑同鄉會的邀請，赴臺演出《梅玉配》、《曲判記》、《陳若霖斬皇子》等。在返省途經香港時，應香港福州十邑同鄉會邀請，由青年演員作折子戲專場演出。
1996年2月至10月，福建省閩劇實驗劇團，與福州閩劇院壹團、紅旗閩劇團分別赴馬來西亞與法國演出。12月，在福建省第20屆戲劇會演上，平潭縣閩劇團演出的《鳳凰蛋》獲劇目、導演、舞美等獎項。1997年1月，應文化部藝術局邀請，福建省閩劇實驗劇團赴京演出《貶官記》，5月，獲第七屆“文華新劇目獎”、“文華導演獎”與“文華表演獎”；並於9月份獲中宣部第二屆表彰的“五個壹工程獎”。
2006年5月20日，經國務院批準列入第壹批國家級非物質文化遺產名錄。2007年6月8日，福建省閩劇院獲得國家文化部頒布的首屆文化遺產日獎。