1、類型不同
工學碩士是屬於學術型的碩士，只要是有本科學歷就可以報考，工程碩士是屬於技術型碩士，必須有3年及以上的工作經歷才可以報考，課程學時很少，但是可以有5年時間來完成論文，壹般是在職的。
2、學費不同
工學碩士學費有公費和自費，即使是自費個人拿的也少，壹般是7500/學年左右，工程碩士學費完全自費，學費較貴。
3、培養特色不同
從培養特色上，壹是工程碩士側重動手、實踐技能，而工學碩士側重學術性、研究能力。
4、教育體系不同
工程碩士與工學碩士兩者屬於不同的教育體系，工程碩士教育側重於工程素質培養和工程實踐能力訓練，工學碩士側重於基礎理論學習和學術研究。