首先軍機大臣並無固定品級，由皇帝挑選官員兼任。而兩廣總督作為封疆大吏，為壹品官級，其職權範圍比軍機大臣更為廣闊，尤其是在清朝後期，兩廣總督的權力要比軍機大臣更大。
軍機處:加強君主專制之權的產物
軍機處起源於雍正時期。在雍正時期之前，清朝還是沿用明朝的內閣制，國家大事，政策方針的實施均是在內閣大臣商討後由皇帝拍板所決定。
到了雍正七年（1729年）由於西北地區戰事頻繁，軍機戰務不能再同其他政務壹般拖延怠慢，再者出於對重要軍事機密的保護以防泄露，雍正皇帝便在內閣之外添設?軍機房?，挑選內閣中比較可靠的大臣協同辦理軍務，這便相當於皇帝的私人秘書，以做輔佐之責。 當然，在西北戰事解決之後，這壹機構被未由此裁撤，而是在雍正十年改稱為?辦理軍機處?，壹直沿用至清末。
兩廣總督:代君主行使兩廣軍政之權
兩廣總督之職在明朝景泰年間已經產生，到了清朝才正式定制，成為地方政治制度，其職權大致可以歸納為:總管廣西廣東兩地的軍務和政務，相當於封疆大吏。
當然，無論其權力如何之大，都是在皇帝的直接管轄之下，兩廣總督人員的任用並非吏部所能任用，而是由皇帝本人直接委任，罷免之權也牢牢掌握在皇帝手中。總而言之，他同軍機處壹樣都是皇權加強的產物。
總結:
軍機大臣設立之初主要是作為皇帝的秘書協同皇帝處理軍務，在之後也能夠參與國家政務決策的制定，其行走範圍主要是在中央。對於地方的管轄，他們無權參與。 而兩廣總督則是皇帝委派至兩廣地區，代替皇帝處理兩廣地區的軍政之務，該地區的軍餉、糧草、民生、官員任用裁撤均有總督所決斷。
尤其是在清朝末年，兩廣總督作為封疆大臣，其權力達到了頂峰，比如在平定太平天國運動之後的曾國藩曾國荃二人，均被委任為兩廣總督，並且達到了能夠與中央相抗衡的勢力，這是軍機大臣所不能達到的高度。