致病菌壹般指病原微生物。病原微生物是指可以侵犯人體，引起感染甚至傳染病的微生物，或稱病原體。病原體中，以細菌和病毒的危害性最大。病原微生物指朊毒體、寄生蟲（原蟲、蠕蟲、醫學昆蟲）、真菌、細菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體、病毒。
某些病原體反復接觸某些化學治療藥物後，其反應性不斷減弱，以致最後病原體可抵抗該藥而不被殺滅或抑制，這就是病原體對藥物的耐受性，稱為耐藥性或抗藥性。產生抗藥性的主要原因是藥物劑量不足或長期使用某種藥。許多細菌和寄生蟲都會發生抗藥性。病原體產生了抗藥性，常使療效減小或完全失效。抗藥菌株具有遺傳性，因此，在治療疾病時要嚴格掌握適應癥，防止濫用藥物。
根據病原微生物的組成及結構，可將其分為三大類：
非細胞型微生物
主要包括病毒和朊粒等。病毒無細胞結構，僅由蛋白質外衣包裹核酸構成，如甲型肝炎病毒、SARS冠狀病毒等。朊粒是壹種感染性蛋白質分子，能夠引起動物和人類腦組織慢性海綿體變性，如瘋牛病及人類的庫魯病。
原核細胞型微生物
由裸露的DNA盤繞形成原始核質，沒有核膜和細胞器，包括細菌、立克次體、衣原體、支原體、螺旋體，屬於廣義的細菌範疇。
真核細胞型微生物
包括真菌、原蟲等。此類微生物具有核膜和復雜的細胞器，如引起瘧疾的瘧原蟲及引起皮膚病的黴菌等