細菌內毒素與外毒素的不同點在於它們的存在部位、化學組成、穩定性和毒性作用。
1、存在部位：外毒素由活的細菌釋放至細菌體外；內毒素為細菌細胞壁結構成份，菌體崩解後釋出。
2、化學組成：外毒素主要成分為蛋白質（分子量27，000～900，000）；內毒素主要成分為磷脂壹多糖壹蛋白質復合物（毒性主要為類脂A）。
3、穩定性：外毒素不穩定，60℃以上能迅速破壞；內毒素耐熱，60℃耐受數小時。
4、毒性作用：外毒素毒性強，微量對實驗動物有致死作用（以ug計量）。各種外毒素有選擇作用，引起特殊病變，不引起宿主發熱反應。抑制蛋白質合成，有細胞毒性、神經毒性、紊亂水鹽代謝等。
內毒素毒性稍弱，對實驗動物致死作用的量比外毒素為大。各種細菌內素的毒性作用大致相同。引起發熱、彌漫性血管內凝血、粒細胞減少血癥、施瓦茲曼現象等。
擴展資料：
細菌內毒素這個概念在1890年的時候就已被提了出來，它是在研究發熱物質過程所引起的，1933年Boivin最先由小鼠傷寒桿菌提取出來，進行化學免疫學方面的研究.
到1940年時候，Morgan使用誌賀氏痢疾菌闡明了細菌內毒素是由多糖脂質及蛋白質三部分所組成的復合體，到了1950年以後，隨著生物學，物理化學，免疫學以及遺傳學等的進步發展，細菌內毒素的研究工作，尤其是其化學結構組成及各種生物活性間的關系也更加明確起來。
外毒素毒性極強，極微量就可使實驗動物死亡。重要的外毒素主要有兩大類：壹類是在體外產生並引起食物中毒的外毒素。它們所致的疾病不是傳染過程，而是由於食入含有這類毒素的食物引起的中毒過程。主要有肉毒桿菌產生的肉毒毒素和金黃色葡萄球菌產生的腸毒素。
另壹類是在體內產生並引起重要致病作用的毒素。這類毒素有的作用於全身，有的作用於局部。
參考資料：
百度百科-細菌內毒素
百度百科-細菌外毒素