最早的和最普通的厭氧濾池采用的填料是碎石，壹般采用石英石、花崗巖、安山巖、礦渣等。但以碎石為填料的厭氧濾池孔隙率低，質量大，易堵塞，有機容積負荷率低，占地面積答，目前已很少采用。取代它的是輕質填料。已經報道過的其他填料有陶瓷、塑料、玻璃、爐渣、貝殼、珊瑚、海綿、網狀泡沫塑料等。
2、粒徑
選擇適當的填料粒徑非常重要，厭氧濾池的填料粒徑由0.2mm到6.0cm不等。粒徑較小易於堵塞，特別是對於濃度較高的廢水。實踐中多選用粒徑在2cm以上的填料。
3、表面狀況
填料的表面粗糙度會影響細菌的黏附和增殖速率，表面粗糙多孔有助於生物膜的形成。
4、孔隙率
在厭氧濾池中，厭氧菌大部分生長在填料之間的孔隙中，在表面生長的膜僅占1/4-1/2.因此填料的孔隙率對厭氧濾池的運行狀況影響很大。孔隙率越高，在同容積反應器中，當處理水量壹樣時，汙水實際停留時間越長，反應器容積利用率越高。另外，高孔隙率對防止濾池堵塞和短流也有好處。但孔隙率過高，出水夾帶的懸浮物較多。