第壹階段，神示證據制度，有的叫神明裁判。在原始社會末期、奴隸社會和封建社會前期，生產力水平低下，與當時的控訴(彈劾)式訴訟制度相適用，“神示”成為人類歷史最早的原始證據制度。主要特征是，以神的啟示來判斷訴訟中的是非曲直。其方法有灼鐵法、沸湯法、決鬥法、抽簽法、蔔筮法等等。信奉神靈、畏懼神靈是神示證據制度的鮮明特征。
第二階段，法定證據制度，又稱形式證據制度。在封建社會，與當時的糾問式訴訟制度相適用，法定證據制度成為比較通行的證據制度。主要特征是，由法律預先機械規定證據的采集、證據的可靠性和證明力等各項形式規則，不需分析判斷證據本身的真實情況如何。只需按法律規定的各種證據可靠性的百分比，機械計算就行。證據被分為完全的、不完全的、不太完全的、多半完全的等幾類。幾個不完全的證據相加，可以構成壹個完全的證據。被告人的供述，不管是自動供述，還是刑訊逼供，只要是親口供述．就可以采用。
我國封建社會訴訟的主要方式是主審裁斷，輔之以刑訊逼供的口供至上法定證據制度。刑訊逼供的條件、程序、工具等都由法律規定，刑訊工具通常是法定規格的“杖”。法定證據制度對證據的形式要求比較周到，在壹定程度上限制了主審的專橫武斷，比神示證據制度進了壹大步。但是，這種客觀公正的虛象，使得有罪推定、屈打成招的恐怖手段普遍地合法化。
第三階段，自由心證證據制度，又稱內心確信證據制度。在資本主義社會，與辯論式的訴訟制度相適用，自由心證證據制度取代了封建社會通行的法定證據制度。法律不預先機械規定證據的采集、證據的可靠性和證明力等標準，由裁判者根據案件審判情況，結合法律素養、法庭經驗和心理良知，通過內心確信去自由判斷、查明事實。自由心證原則最先由法國於1791年的制憲會議通過，並於1808年寫入《刑事訴訟法典》。其後，被大陸法系國家普遍采用，至今仍然有效。有些國家對自由心證的形成規定了若幹奈件的限制。英美法系國家在證據規則上，沒有自由心證(或內心確信)術語，但實際上實行由壹系列判例形成的形式證據規則與自由心證相結合的原則。我國的北洋政府和民國政府亦采用自由心證原則。自由心證證據制度體現出人道主義精神和法律面前人人平等原則，使與檢控權相抗衡的辯護權得到加強，具有民主性和文明性，比較符合程序正義和實體正義的要求。但是，對裁判者的素質要求比較高。否則，會為隨心所欲的“內心確信”提供合法依據。
證據制度與訴訟制度具有同樣久遠的歷史，但至今仍有不少理論問題和實踐問題難以解決。特別是我國加入WT0後社會主義市場經濟環境中的行政證據問題，是壹個非常棘手的新課題。最高人民法院《關於行政訴訟證據若幹問題的規定》沒有采用法定證據制度．而是傾向於自由心證制度。但是，這種自由心證不是隨心所欲，而是采納現代理論研究成果和WTO的現代法治與正當程序觀念，規定了比較完善和比較嚴格的規則作為保障。這種現代自由心證與預定規則相結合的證據原則，無疑也是工商行政管理執法的證據原則。
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