(壹)比較解剖學
進化論者通過動物的器官在形態和功能方面的類比，定了所謂的同源器官，並由此說明在進化樹中某壹譜系的動物該器官在進化中發生的形態與功能的變化是自然選擇的結果。首先，同源器官的定義就非常牽強，妳必須首先承認動物是進化的，才能找到同源器官。因此這絕不能算做進化論中的壹個證據，而只能是壹個推論。即我們只能說因為進化論正確，所以進化樹中某壹譜系中的動物存在同源器官，而不能說同源器官的存在證明進化的存在。現代基因學和遺傳學誕生後，對生物體形態與功能的關系在更本質的層次－－基因及分子水平有了嶄新的認識。形態和功能只是表相，它們是由基因決定的，相同的形態可能對映於完全不同的基因。如果認為從鳥類的翅到哺乳動物的前肢是進化的話，那麽它們的基因也應表現為對映於形態相同程度的進化。但實際上並非如此，如果現在仍有人試圖從表面現象說明問題，只能被認為是膚淺的。
(二)古生物學
1. 淩亂的化石證據
無論是進化論者還是反進化論者，都希望古生物化石能輔證自己的觀點。如果說達爾文時代缺少化石記錄的話，那麽到今天為止，人類已收集了數以萬噸記的化石，是否已證明進化論的正確了呢？事實上依然不能。CHICAGO的FIELD MUSEUM OF NATRURAL HISTORY的古生物學家RAUP本是進化論者，但後來不得不放棄自然選擇學說，而支持幸運者生存說。他說該館擁有現有已知化石物種的近五分之壹，可是已經確證的中間過渡類型的化石比達爾文時代還少。現有化石記錄混亂不堪，人為按進化論組成的譜系漏洞百出，根本不能說明問題。進化論者們所使用的分類方法及標準又不同，因此對某壹化石的斷代也經常爭論不休，得不到壹個統壹的結論。
進化論者常用的壹個較為完備的進化譜系證據是脊椎動物序(VERTEBRATE SEQUENCE)，包括從魚類到兩棲類，爬行類，鳥類，哺乳動物，直至人的進化。從魚類到兩棲類，曾發現壹種叫RHIPIDISTIAN的魚化石，其骨骼特徵類似於兩棲類，因此被認為是魚類到兩棲類的過渡類型。但當另壹種叫COELACANTH的活化石發現後，這種觀點被立即推翻，因為這兩種動物在進化譜系中的親緣關系是極近的，但研究表明，COELACANTH並無任何上岸的可能性。曾經轟動壹時的始祖鳥(ARCHAEOPTERYX)，曾被視為進化論的鐵證，因為它即具有爬行動物的特徵，又具有鳥類的特徵而被視為壹個著名的過渡類型。後來發現，始祖鳥所具有的爬行類特徵，如爪和牙齒，在現代鳥類中也存在，如南美洲OPISTHOCOMNSH-OATZIN 和非洲的TOURACOCORYTHAIX。也就是說這個證據並不能用於判定鳥類與爬行類的過渡類型。另外，JENSEN早在1977年《SCIENCE》上發表的論文指出，與始祖鳥同壹地層出土的化石被懷疑為近似於現代鳥類動物的股骨，因此，始祖鳥即非“始祖”，也非種間類型。1991年在中國遼寧發現的年代與始祖鳥相同或更早的鳥類化石更加深了始祖鳥的地位危機。
在從猿到人的進化過程中，拉瑪古猿(RAMAPITHECUS)具有重要意義。它的下頜骨兼具人類與猩猩的特徵，牙床結構類似於人，不具有猩猩的門齒與犬齒，但上下頜的距離與頜骨的長度又近似於猩猩，這被視為是進化論的壹個鐵證。然而後來在非洲發現的壹種狒狒(THEROPITHECUSGLADE)與拉瑪古猿具有相同的牙齒及面骨特徵，但卻被視作壹種狒狒。由此可見，這個判據也是模棱兩可的。
2. 寒武紀生物大爆炸(CAMBRIAN EXPLOSION)
達爾文對自己理論的最終歸宿評價道：“如果可以證明任何復雜的器官不能通過無數的，持續的，微小的改變形成的話，我的理論將絕對失敗”。
寒武紀生物大爆炸恰恰提供了壹個極好的例證。大約在五億三千萬年前，在短短的幾萬年內，幾乎現在所有生物的門同時出現在地球上。從海洋裏巨大的管狀蠕蟲，甲殼類到較為高級的脊索動物並存。如果進化確如達爾文所言由點滴的，漸進的方式進行，那麽數百萬年的時間無論如何也不足以完成這壹歷程。雖然寒武紀之前的多細胞生物化石也有發現，但按進化論的觀點，它們與寒武紀生物並無承傳關系。現代達爾文主義者STEPHEN J GOULD亦無法解釋，稱之為“迷中之迷”(ENIGMA OF ENIGMAS)，事實上寒武紀生物大爆炸是進化論不可逾越的障礙。
3. 人類的起源
在《物種起源》發表之際，達爾文曾說：“只有人類的進化，怎麽都不可能用我的進化論來說明”。
的確，從進化論的觀點來看，人類的進化太快了。以人為例，進化論者認為，人類誕生的歷程為：南方古猿(AUSTRALOPITHECUS 200萬年前) ----原人(代表為BETICONTUROPS 50萬年前) ---- 舊人(代表為NEANDERTHALIAN 10萬年前)----新人(5萬年前) ---- 現代人類(5千年前).在這壹過程中，人腦容量以爆炸般的速度增大。而現代人類產生後，進化又仿佛突然消失了，五千年來人的腦容量基本未變。再看腦細胞數量，現代類人猿為10億個，而現代人類約為140億個。單從數字上看是增大了14倍，但智力水平卻發生著跳躍性的變化，這些證據強烈地暗示：這個進化樹是不正確的。這些物種也許根本沒有任何親緣關系，而進化論者只是按時間順序把它們拼湊在壹起而已。
另外，六十年代以來，肯尼亞OLDUVAI峽谷和RUDOCF湖附近地區的考古發現，也給進化論提出了許多反例。1972年出土了壹具類人動物的頭骨化石，編號為KNM-ER-1470，簡稱1470號人。按其分類特徵，它類似於現代人，屬於人屬(HOMO GENUS)，比南方古猿和直立猿人(HOMO ERECTUS)要進步得多，但它卻處於290萬年前。1470號人比進化論者所公認的人類始祖南方古猿早九十萬年，比直立猿人早二百萬年。這從根本上動搖了進化論的證據，成為古人類學中的壹件懸案，至今沒有壹個進化論者能夠歸屬1470號人在進化樹中的位置。
(三)胚胎學
與比較解剖學類似，胚胎學從生物發育過程中形態的變化，推論出高等動物的胚胎在發育中重現其進化歷程。如人類胎兒在發育之初與豬和鼠的胎兒都具有鰓裂和尾，形態也很相似，其實，這只是表面現象。首先，人類胎兒的“鰓裂”事實上不是鰓裂，而是快速發育的皮膚的褶皺；其次，人類胎兒的尾狀結構也絕不是尾，而是神經管。在蛙胎發育過程中的尾狀結構亦是神經管。再次，形態這壹表象是由基因決定的。較為普遍接受的HOX基因調控理論認為，動物形態雖然豐富多彩，但在分子水平上的調控都是壹致的，因此，動物胚胎發育之初形態相似，是由於HOX基因調控水平相同而已。這是近年來發育生物學最為重大的發現之壹。也就是說，從形態相似仍不能得出本質亦相似的結論。
二、 不可回避的化學進化
生命產生前在分子水平上的進化(PREBIOLOGICAL EVOLUTION)被稱為化學進化。完整意義上的進化論，不僅要回答生命產生後的生物進化過程，而且還要解決生命物質是如何產生的問題。即怎樣由簡單，無機的小分子進化到復雜，有機的大分子，進而產生生命體。但這個問題被進化論者們故意地回避了。
《DARWIN'S BLACK BOX》壹書的作者BEHE教授，對數種有關進化分子生物學的學術期刊(包括JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION，PROCEEDINGS OF NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES等權威雜誌)，近十年來所發表的上千篇文章的研究表明，在這方面的進行的工作是零。化學進化被回避的原因很簡單，是因為進化論者根本無法回答。流行的觀點認為，原始地球擁有還原性大氣，含有氮，氫，硫化氫等成份，不含或含少量的氧。大氣放電經常發生，原始海洋中水溫較高，並有頻繁的地質活動，如地震，火山噴發等。基於這種觀點，1951年STANLEY MILLER進行了著名的“原始湯”(PREBIOTIC SOUP)實驗，他在壹個燒瓶中模仿原始地球的環境，用氣體放電模擬雷電。實驗結束後，在產物中分離到了氨基酸，這個結果轟動了科學界。但更多的問題暴露後，樂觀主義漸漸消失了。我們僅舉兩例，說明他們的困境。
(壹)化學選擇性
所有生物大分子結構均表現為空間上的有序，蛋白質分子除了特定氨基酸的連接外，還能形成Alpha-螺旋(HELIX)；Beta-折疊(SHEET)等二級結構；結構域(STRUCTURAL DOMAIN)等三級結構；直至形成四級結構---亞基(SUBUNIT)。雙鏈DNA分子由兩條單鏈組成，除單個核甘酸的連接與氫鍵作用外，還能形成雙螺旋和超螺旋(A-DNA；B-DNA；Z-DNA等)，所有這些結構都與該大分子的功能緊密相聯。壹旦這些結構遭到破壞，該大分子就會失活，所以生物體在合成生物大分子時表現出極高的精確性。
假設第壹條具有生命功能的多(月太)鏈出現在原始海洋中，其序列為A，B，C...(A，B，C...代表天然的人體所需的二十種氨基酸)。其形成的必然條件是：
(1)A，B，C...等具有足夠的濃度，這樣A，B，C分子才有可能相遇而發生反應。
(2)從氨基酸形成多(月太)的反應是縮聚反應，每步反應會生成壹分子水，從化學平衡的原理看，反應需要脫水劑，否則水將抑制該反應。
(3)假設A與B的結合是隨機的，而結合C時是選擇性的，按熱力學原理，這是壹個(火商)減的反應，必須得有外界能量的輸入。如果以上三個條件全部成立，那麽C到底是由什麽因素決定而被選擇的呢？進化論者只能回答：絕對的隨機。但在自然環境中，上述三個條件決不可能同時滿足，這個隨機過程缺乏先決條件。另外，從科學哲學的角度來看，進化論者的答案是不可能被證偽的(FALSIFIABLE)，而且在經驗世界中是不可檢驗的。
BEHE教授在談到這個問題時舉了壹個形象的例子，他認為，蛋白質絕對隨機，自然地產生，就如同壹個人指望把熱水，雞蛋，面粉，糖和可可粉隨機放在壹起就能產生壹個巧克力蛋糕壹樣荒唐。
(二)光學選擇性
生物世界是壹個不對稱的世界，如果妳註意觀察過妳的手，妳會發現左右手在空間上無法完全重合，但左手和右手的鏡像卻能重合。在化學中這種現象被稱之為“手性”(CHIRALITY)，幾乎所有的生物大分子都是手性的。比如，組成人體的糖類壹般是右旋的，而構成蛋白質的氨基酸都是左旋的。而左旋的糖和右旋的氨基酸，幾乎不能被人體利用。壹般認為，在非手性的環境中不能產生手性化合物，而只能產生外消旋體，即等量的右旋和左旋體構成的混合物。現代不對稱合成化學通常采用昂貴的手性催化劑，才能使反應按照人所期望的方向進行，得到單壹的手性化合物。在MILLER的實驗裏，所有得到的氨基酸都是外消旋體。假如還用前文所舉的例子A-B-C...序列，又是誰選擇了左旋的氨基酸呢？眾所周知，最簡單的蛋白質是胰島素--51(月太)，那麽由自然界隨機地從二十種天然外消旋體中選擇合成壹個51(月太)，得到全部由左旋氨基酸構成，具有生物活性的胰島素分子的幾率有多大呢？簡單的數學計算可以證明是(1/40)的51次方。而在實踐中，其幾率是零，根本就不可能發生。MILLER的實驗帶給進化論者的並不是福音，而是更加劇了其深刻的危機。
進化論發展至今，已經走入了死胡同。它認為人類由偶然中產生，進化即無目的又無方向。進化論者已變成狹隘，自負的信仰者，喪失了科學的探索精神，甚至拒絕對任何進化論體系外的現象進行觀察和研究。他們認為科學是研究存在和獲取知識的唯壹途徑，凡是現代科學無法證實的，無法研究的，都是不真實的，進化論就是絕對的真理，他們把自己封閉在壹個小圈子裏，不願向外邁出壹步。CORNELL大學的WILLIAM PROVINE就斷言，根據進化論的結論，人只是復雜的生物機器，沒有任何特殊的意義。道德，信仰都不存在，也沒有任何自由意誌，這完全回到了十九世紀的機械唯物主義，是人類思想的重大倒退。可悲的是，這是信奉進化論的必然結果。
從科學史上看，固步自封只能加速舊體系的崩潰。如今，人類已經步入壹個新的世紀，只要人們勇於打破固有的觀念與框框，新科學的曙光壹定會升起在地平線上。