吞咽困難可由口咽部、食管、賁門功能障礙或疾病引起。
給腦卒中病人餵飯時，常可見到有些病人的食物在口中停留很長時間難以下咽，這屬於口咽部的功能障礙，是腦卒中後支配吞咽動作的神經受損造成的。
胃腸道疾病引起的吞咽困難往往是食管、賁門異常所致，如食管蠕動減弱、消失或異常，以及各種原因引起的食管狹窄。這其中包括單純性的食管病變，如賁門失弛緩癥、彌漫性食管痙攣、食管癌；某些全身性疾病在食管中的反映，如皮肌炎、硬皮病等；還有食管鄰近器官疾病對食管的影響，如縱隔腫瘤、主動脈瘤等。
吞咽困難的調治首先應根據病因進行調治，由全身疾病引起者，應處理相應的原發病。口腔、咽部炎癥，可據細菌培養結果選用敏感的抗菌素。
（1）慢性食管痙攣、賁門失遲緩癥者，應首先解除思想壓力，必要時給予鎮靜劑。調治可選硝酸鹽類如消心痛，鈣離子通道阻滯劑如心痛定，配合小劑量促胃動力藥可增強療效。藥物調治無效者，可選用擴張療法或手術療法。腫瘤者應爭取早期診斷、早期手術，適時選用放射治療、化學藥物治療。
（2）反流性食管炎可選用提高食管下括約肌張力，增強食管蠕動藥，如嗎丁啉、胃復安；黏膜保護劑，如膠鉍、硫糖鋁。中和及抑制胃酸藥，如氫氧化鋁凝膠、法莫替丁、雷尼替丁、奧美拉唑。
當吞咽困難伴有疼痛、聲音嘶啞、呼吸不暢、咳嗽或明確地感覺出食物難以通過的部位，都不可掉以輕心，壹定要到醫院就診。