扁蓿豆為兩性花，花萼鐘形，密被伏毛；花冠的旗瓣為矩圓狀倒卵形，翼瓣短於旗瓣，基部具爪，龍骨瓣短於翼瓣；子房有柄，兩體雄蕊。在呼和浩特地區，播種第二年壹般在7月初開花，7月中旬達到盛花期。花序上的花從下至上依次開放，每朵小花開放2～3d，壹個花序開放5～6d，在壹日內開花的高峰出現在12～15時（烏日婭等，1994）。據套袋試驗表明，扁蓿豆雖為異花授粉植物，但套袋的自交率可達1.44%，同壹花序小花內互相授粉的自交率達5.7%。主要靠昆蟲傳粉，結實率較高，在正常情況下的結實率可達52%左右。由於開花期很長，延續的時間達2個多月，種子成熟極不壹致，前期結實的種子早已成熟變為黑色或黑褐色，並脫落，而後期結實的種子還不成熟，因此，影響到種子的收獲和產量。種子的硬實率壹般30%～60%，最高達87%，發芽率僅9%，野生性狀明顯。