瑪雅文明的消失目前是未解之謎，主要有人口爆炸說、外來威脅說、疾病傳播說等猜想。
1、人口爆炸說
據說在當時瑪雅人居住的地方非常的狹小，但是瑪雅人卻在上面無節制的繁衍後代，這麽多的人口必定在當時的社會當中造成了不小的社會壓力，所以在他們的經濟即將要崩潰時，他們的首領壹定會在這時做出壹個決斷。這個決斷就是尋找更加適合他們的地方居住，大規模移民。
2、外來威脅說
這個說法的來源是當時的瑪雅人居住於中南美洲，但是中南美洲極易發生地震以及臺風等威脅到人類生存的自然災害。在當時的瑪雅人同樣是在經歷著這些，為了不再經受這些災難，其首領經過精密安排，於是出現了集體大逃亡壹說。
3、疾病傳播說
在當時的瑪雅人居住的地方或許是出現了大規模的傳染病，只是許多的瑪雅人都因此而死去。而這種疾病在當時的瑪雅人那裏或許也沒有救治的方法，所以因為傳染病人口大量的死亡，剩余的人都遷移逃難，於是瑪雅文明就此衰落。
瑪雅文明的信仰：
瑪雅人篤信宗教，文化生活富於宗教色彩。他們崇拜太陽神、雨神、五谷神、死神、戰神、風神、玉米神等。太陽神居於諸神之上，被尊為上帝的化身。此外，行祖先崇拜，相信靈魂不滅。瑪雅國家兼管宗教事務，首都即為宗教中心。
瑪雅文明的早期階段圍繞祭祀中心形成居民點，古典期形成城邦式國家，各城邦均有自己的王朝。社會的統治階級是祭司和貴族，國王世襲，掌管宗教禮儀，規定農事日期。