海事局的主要職責包括：
(壹)擬定和組織實施國家水上安全監督管理和防止船舶汙染、船舶及海上設施檢驗、航海保障以及交通行業安全生產的方針、政策、法規和技術規範、標準。
(二)統壹管理水上安全和防止船舶汙染。監督管理船舶所有人安全生產條件和水運企業安全管理體系；調查、處理水上交通事故、船舶汙染事故及水上交通違法案件；歸口管理交通行業安全生產工作。
(三)負責船舶、海上設施檢驗行業管理以及船舶適航和船舶技術管理；管理船舶及海上設施法定檢驗、發證工作；審定船舶檢驗機構和驗船師資質、審批外國驗船組織在華設立代表機構並進行監督管理；負責中國籍船舶登記、發證、檢查和進出港(境)簽證；負責外國籍船舶入出境及在我國港口、水域的監督管理；負責船舶載運危險貨物及其他貨物的安全監督。
(四)負責船員、引航員適任資格培訓、考試、發征管理。審核和監督管理船員、引航員培訓機構資質及其質量體系；負責海員證件的管理工作。
(五)管理通航秩序、通航環境。負責禁航區、航道(路)、交通管制區、港外錨地和安全作業區等水域的劃定；負責禁航區、航道(路)、交通管制區、錨地和安全作業區等水域的監督管理，維護水上交通秩序；核定船舶靠泊安全條件；核準與通航安全有關的岸線使用和水上水下施工、作業；管理沈船沈物打撈和礙航物清除；管理和發布全國航行警(通)告，辦理國際航行警告系統中國國家協調人的工作；審批外國籍船舶臨時進入我國非開放水域；負責港口對外開放有關審批工作以及中國便利運輸委員會日常工作。
(六)航海保障工作。管理沿海航標無線電導航和水上安全通信；管理海區港口航道測繪並組織編印相關航海圖書資料；歸口管理交通行業測繪工作；組織、協調和指導水上搜尋救助，負責中國海上搜救中心的日常工作。
(七)組織實施國際海事條約；履行“船旗國”及“港口國”監督管理義務，依法維護國家主權；負責有關海事業務國際組織事務和有關國際合作、交流事宜。
(八)組織編制全國海事系統中長期發展規劃和有關計劃；管理所屬單位基本建設、財務、教育、科技、人事、勞動工資、精神文明建設工作；負責船舶港務費、船舶噸稅有關管理工作；負責全國海事系統統計和行風建設工作。