中子輻射在加速器雖不占第1位，但防護比較困難，危害也不可低估。當加速器能量高於10MV時，因光致衰變會產生中子，產額雖不很大，但對於不同的材料中子的閾能值是不壹樣的。對輕質材料，中子的閾能值為10~19MeV。對重質材料，中子的閾能值為4~6MeV。當電子能量達到10~35MV之間時，將產生巨***振中子，其能譜接近裂變譜，平均能量為2~4MV，它按各向同性發出。中子的危害同X線輻射壹樣具有肉眼不可見的特點，但對人體的損害作用比X線更厲害，在設計建造加速器機房時，依據中子產生的閾能值，必須同時考慮對光子和中子的雙重有效防護。