常用的核酸染料有:
1、EB染料
EB屬於核酸分子嵌入劑，通常用於分子遺傳學、DNA和染色質結構分析等研究中，特別是國內很多實驗室仍在使用EB進行凝膠核酸電泳實驗的染色。
EB是極易滲透細胞膜與胞內DNA嵌合的小分子，它具有平面***軛大環結構，是典型的DNA分子插入試劑，菲啶環插入到DNA分子的堿基對之間，與DNA嵌合形成穩定的復合物，並影響DNA
的復制，破壞正常的遺傳生理現象。EB作為誘變性的化合物，它在人體中誘導突變的機制是不可逆轉的。
2、GoldView染料
GoldView(GV)是壹種可代替溴化乙錠（EB）的新型核酸染料，其靈敏度與EB相當，使用方法與之完全相同。在紫外透射光下雙鏈DNA呈現綠色熒光，也可用於RNA染色。
實質上，所謂的Goldview就是吖啶橙，也就是傳說中的AO，有壹種傳統的細胞雕亡試驗，采用的染料正是吖啶橙，也就是AO/EB染色試驗，EB無法穿透完整的細胞膜，而AO可以穿過細胞膜染上細胞核，以此來區分雕亡和未雕亡的細胞。
3、GelRed 和 GelGreen染料
GelRed
和GelGreen
是兩種集高靈敏、低毒性和超穩定於壹身的極佳的熒光核酸凝膠染色試劑。其水溶染色劑通過美國環保局安全認定，廢棄物可直接倒入下水道，而不會造成任何環境汙染。
GelRed
和 GelGreen
的特殊化學結構使其難以穿透細胞膜進入細胞，正是這壹特性降低了染料的細胞毒性。不過也正是因為如此，其價格大約是GoldView的十倍左右。
擴展資料
核酸染料的科研應用：
1、免疫分析
熒光標記的單克隆抗體技術為流式細胞儀在研究細胞膜和細胞內各種功能性抗原、腫瘤基因蛋白等領域擴展了無限的應用空間。
熒光探針可以通過蛋白質交聯劑***價結合在單克隆抗體上。免疫熒光標記最常用的染料有異硫氰酸熒光素(fluorescein isothiocyanate, FITC)、藻紅蛋白（PE）以及AlexaFluor系列染料等。
2、核酸檢測
核酸熒光染料對細胞核染色後定量測量細胞所發出的熒光強度，就可以確定細胞核中DNA、RNA的含量，並可以對細胞周期和細胞的增殖狀況進行分析。
有多種熒光染料可以對細胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst 33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。
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