在1947年，美國把美軍管理中央化，把陸軍和海軍部組合成國防部。同時美國把空軍和陸軍分開，建立壹個新空軍部在國防部地下.
美國國防部現在的組織是按照美國國會通過的1986年的戈德華特－尼科爾斯國防部重構法(Goldwater-Nichols Act of 1986)。按照這個法案，軍事命令是從美國總統通過美國國防部長直接到美國地區將軍。美國參謀長聯席會議有責任準管美國武器和軍人準備也當總統的軍事顧問，但是他們沒有命令權。
國防部由六個實體部門組成：
國防部部長辦公室
(Defense Policy Board Advisory Committee)
美國國防部凈評估辦公室(Office of Net Assessment)
總監察長辦公室(Office of Inspector General)
防禦犯罪調查服務處(Defense Criminal Investigative Service)
軍事部門
陸軍部 包括美國陸軍
海軍部 包括美國海軍和美國海軍陸戰隊
空軍部 包括美國空軍
參謀長聯席會議
美國海軍天文臺
統壹作戰指揮
中央司令部 (CENTCOM)
歐洲司令部 (EUCOM)
聯合部隊司令部 (JFCOM)
北方司令部 (NORTHCOM)
太平洋司令部 (PACOM)
南方司令部 (SOUTHCOM)
特種作戰司令部 (SOCOM)
戰略司令部 (STRATCOM)
運輸司令部 (TRANSCOM)
國防機構
國防高級研究計劃局(Defense Advanced Research Projects Agency)
國防物資局(Defense Commissary Agency)
國防合約審計局(Defense Contract Audit Agency)
國防合約管理局(Defense Contract Management Agency)
國防財務會計服務局(Defense Finance and Accounting Service)
國防情報系統機構(Defense Information Systems Agency)
國防情報局(Defense Intelligence Agency)
國防法律服務機構(Defense Legal Services Agency)
國防後勤局(Defense Logistics Agency)
國防安全合作局(Defense Security Cooperation Agency)
國防安全服務(Defense Security Service)
國防威脅降低局(Defense Threat Reduction Agency)
導彈防禦局(Missile Defense Agency)
國家安全局(National Security Agency)
國家偵察辦公室(National Reconnaissance Office)
國家地理空間情報局(National Geospatial-Intelligence Agency)
五角大樓保安局(Pentagon Force Protection Agency)
國防部門現場活動
美國軍隊信息局(American Forces Information Service)
國防部戰俘/失蹤人員辦公室(Defense Prisoner of War/Missing Personnel Office)
國防部教育處(Department of Defense Education Activity)
國防部家屬學校(Department of Defense Dependents Schools)
國防部人力資源處(DoD Human Resources Activity)
經濟調節辦公室(Office of Economic Adjustment)
醫療管理處(Tricare Management Activity)
華盛頓總部服務處(Washington Headquarters Services)
2003年，全國通信系統(National Communications System)移到美國國土安全部.