根據國務院三峽工程建設委員會辦公室(國務院三峽工程建設委員會三峽工程稽察辦公室)主要職責，辦公室下設9個職能司(局)：
(壹)綜合司(信訪辦公室)
組織起草三峽工程建設有關法規草案和會議文件；
負責政策研究、會議組織、文電管理、秘書事務、保密及檔案管理等機關政務工作；
提出三峽工程對內對外宣傳口徑，對外發布三峽工程重要信息，協調三峽工程重大宣傳活動；
負責機關政務信息化建設；管理機關和直屬單位幹部人事工作；
負責人民來信來訪接待處理工作；
組織協調三峽工程與外國政府機構、組織間的合作與交流，管理機關和相關單位外事工作。
(二)資金計劃司
監督三峽工程投資概算的總量控制，組織實施投資控制風險分析；
審核需報國務院三峽工程建設委員會審批的預備費項目和投資結余使用項目計劃以及年度投資價差；
協調、平衡三峽工程投資計劃和進度；安排移民年度大類計劃並對執行情況進行監督；
研究提出三峽工程資金籌集政策、方案並協調落實；
負責三峽庫區移民資金財務管理和移民統計工作；
參與協調三峽工程建設管理體制的有關工作。
(三)移民安置規劃司
管理三峽庫區移民搬遷安置工作；
監督三峽庫區移民搬遷安置規劃的實施和調整，促進三峽庫區經濟發展和社會穩定；
管理三峽移民工程建設及監理、移民科研、淹沒區及遷建區文物保護、移民概算資金中安排的環境保護和地質災害治理等工作，參與協調三峽庫區地質災害防治工作。
(四)技術與裝備司
組織協調三峽樞紐工程初步設計方案的重大修改和爭議較大的技術問題；
聯系三峽樞紐工程建設質量、設備質量、施工安全監督管理工作，聯系三峽樞紐工程質量檢查組的有關工作；
協調三峽工程高新技術和重大裝備的科技攻關、自主化(國產化)以及國際招標等工作；
研究協調三峽樞紐運行管理體制有關問題和三峽工程防洪、發電、航運等綜合調度方案。
(五)經濟技術合作司
研究提出全國有關省、市、自治區和中央有關部門對口支援三峽庫區的政策建議和具體措施，組織、協調和推動對口支援三峽庫區移民工作；
推進三峽庫區高效生態農業發展，促進庫區農村產業結構調整；研究提出三峽庫區工礦企業遷建工作管理辦法及年度計劃資金安排意見，協助有關部門做好三峽庫區搬遷工礦企業結構調整工作；
協助有關方面為三峽庫區引進國內外資金和技術。
(六)外遷協調司
研究提出三峽工程外遷移民安置工作的政策建議及相關管理辦法；
協調外遷移民安置規劃工作，編制外遷移民安置年度計劃並對執行情況進行指導和監督；
協調處理移民外遷工作中的有關問題。
(七)水庫管理司
研究提出三峽水庫管理的有關制度，協調三峽工程建設期三峽水庫的管理工作；
研究提出三峽水庫水、土(含消落區)、岸線資源管理和移民後期扶持的政策建議；
參與協調三峽庫區生態建設和環境保護、泥沙研究工作，具體組織三峽工程生態環境監測和三峽樞紐概算中安排的壩區以外生態建設、環境保護科技攻關工作；
參與三峽工程斷航礙航期翻壩方案和補償方案的研究工作。
(八)稽察司
負責三峽樞紐工程、輸變電工程和移民工程稽察的組織工作，提出稽察報告，督促檢查稽察整改意見落實情況；負責三峽工程階段性驗收的組織協調工作。
(九)監察局
組織協調湖北省、重慶市和安置外遷移民的省、直轄市對三峽工程移民資金的使用管理情況進行監督檢查；
負責機關及相關單位黨風廉政建設工作。
負責組織機關和直屬單位財務的內部審計工作。
機關黨委 負責機關和在京直屬單位的黨群工作。