毛細管色譜柱可分為空心柱、填充毛細管柱、微填充柱及多孔層空心柱等類型。
1、空心柱
又可分為塗壁空心柱（WCOT）和塗載體空心柱（SCOT）等：
（1）WCOT柱是將固定液塗在經過預處理的毛細管內壁上，現在多數毛細管柱屬於這種類型。
（2）SCOT柱是先將載體（多用矽藻土）粘著在厚壁玻璃管內壁上，然後加熱拉制成毛細管。載體均勻分布在毛細管的內壁上，再塗上固定液即成SCOT柱。它的柱容量比WCOT高。
空心柱滲透性好，分析速度快。因無渦流擴散項，且傳質阻力小，所以柱效極高，理論板數可達106.但柱容量低，進樣量少，常需采用分流器。
2、填充毛細管柱
將粒狀固體如載體、吸附劑（Al203）裝入玻璃管中，然後拉制成毛細管，使固體融入毛細管內壁，這樣制成的填充毛細管柱既可以作為吸附柱，也可塗上固定液使用。其滲透率介於填充柱和毛細管柱之間，所以填充毛細管柱兼有填充柱和空心柱兩者的優點，是較好的壹類色譜柱。
3、微填充柱（micro-packed column）
柱內徑壹般為0.5~1mm。與填充毛細管柱不同，它是先拉成毛細管後、再填入微粒固定相的。對填充物的機械強度、熱穩定性要求不高，且填充物可塗任何固定液。由於固定液的用量較少，顆粒間空隙也小，故柱效高，理論板高可達0.3mm。微填充柱的優點是載氣線速對柱效影響不大，故可提高載氣流速，以進行快速分析；柱效高；試樣處理量較大，可以不分流進樣。
4、多孔層空心柱（PLOT）
即在空心毛細管內壁上，用適當的方法沈積壹層多孔性物質，它可以是吸附劑，也可以是塗固定液的載體。PLOT柱使空心柱的優越性得到更充分的發揮。與WCOT柱比較，PLOT柱柱容量大，內表面積大。它綜合空心柱和填充毛細管柱的優點，因此有利於高效快速分析。