自1938年起指揮所屬在中國山西省、河北省、山東省等地作戰，在上述地區實行“燒光、殺光、搶光”的三光政策。在1938年8月至1939年12月和1944年3月至1945年6月間，藤田茂曾以聯隊長、旅團長、師團長等身份向所屬下達命令：將俘虜在戰場上殺掉，算入戰果。並且常向其部下訓示：要以活人作靶子，對士兵進行“試膽訓練”。1945年5月至6月，在山東省蒙陰，益都，沂水等縣，藤田茂在指揮“秀嶺作戰”中，曾命令所屬將中國平民和被俘人員當作“刺殺活靶子”，壹次就殺害100余人。他還命令所屬強迫平民探踏地雷，縱容部下燒、殺、掠、搶，強奸中國婦女，其部隊所到之處，十室九空，居民無家可歸。