二是中日雙方力量對比發生了比較大的變化，90年代中國經濟快速增長和日本經濟出現衰退，有人擔心中國經濟發展起來以後，對日本會采取不利於日本的政策。
三是存在中日之間領土和海域劃分問題，具體就是釣魚島和東海劃界問題。
四是中日之間在資源特別是能源問題上出現了壹些競爭，特別是在西伯利亞輸油管線上的競爭也是導致中日關系緊張的重要因素。
五是日本政府關於臺灣的問題的做法，特別是表現在美日安保條約和2+2聲明問題上，在中國人看來，日本政府的做法侵害了中國人民的利益。
六是兩國國內民族主義情緒產生了強化的傾向，使兩國關系變的情緒化，關系變的更加復雜。
七是兩國存在很多的誤解和偏見，特別是民間存在很多偏見和誤解，就象很多中國人認為日本人在搞軍國主義，而很多日本人認為中國人在搞霸權主義。
八是中日兩國政治發生了變化，政府和民間關系出現了調整，政府主導和控制民間的活動有所削弱，民間壹些比較極端和激進的聲音得以充分展現，這有時侯會起到反面的作用。