二程認為，氣聚合為人，天理就形成了人的本性。由於氣質之性阻礙了天理的正常發揮，以致出現了惡，這就是人欲。與人欲相對，天理是純粹的善。他們認為，人的行為，不是遵照天理，就是隨順了人欲，沒有第三種情況。天理與人欲是絕對對立的，放縱人欲，就必然掩蓋天理；要保存天理，就必須去掉人欲。他們要求，壹個儒者，應該徹底地去掉人欲，使心中全是天理，達到聖人的水平。這就是所謂存天理、滅人欲。
從道德修養上說，天理即是至善，是人必須努力追求並用以自律的普遍道德原則，人欲則是個體為保持生命存在和延續而產生的物質生活欲求。二者之間關系，自先秦《樂記》以來，往往處於矛盾的狀態。二程認為，人之所以為人的最根本的標誌，就在於人保有天理。這種作為人的根本標誌的天理，也就是綱常人倫，人的先天善性，人的本然之心，就是天理的表現。本性、本心為善的人之所以會走向惡，就在於其先天之善被後天的物欲所汙染，人的本心錯聵不明，天理也就被蒙蔽而不得彰顯，只有通過去除物欲，泯滅己私的工夫，才能復明人的先天善性。
但是，什麽是天理？什麽是人欲？應該有個界限和標準。南宋朱熹繼承了二程的存天理、滅人欲思想，同時對天理人欲的內涵作出了規定。朱熹認為，天理和人欲是相互伴隨但性質不同的存在。人們喜歡遊玩，喜歡音樂，喜歡財富，喜歡美女等等，雖然也是欲望，但那是天理固有的內容，也是人情所無法避免的。遵循規則，使天下人都能享有這些，那就是天理；把這些據為己有，以滿足壹己之私欲。吃飯的目的是保持生命和健康，為了這個目的，也可以是人欲。如果要求美味、佳肴，超出了保持生命和健康的目的，那就是人欲。而天理、人欲的界限，歸根到底，乃是當時的制度是否允許。比如說，皇帝可以有許多個妻子，壹般宮吏和富人也可以有數個妻子，這都不算是人欲。如果女子不安守本分，企圖嫁給心愛者，這就是人欲。臣子娶數個妻子，享受錦衣美食，也不算人欲；但是如果想做皇帝，這就是人欲。朱熹說，這中間的區別是非常微妙而難以掌握的，稍有差錯，就會造成嚴重後果。他要求學者應該認真體會。
存天理、滅人欲首先是統治階層的道德原則。統治階層之中，又首先是要求皇帝能夠存天理而滅人欲。這是統治階級為了自己的長遠利益而制定的道德規範，以便約束自己的內部的個別成員，使他們把行為限制在當時的道德規範所允許的範圍之內。