兩部神道
亦稱兩部調合（原文作習合）神道或真言神道。兩部指佛教真言宗所說的金剛界、胎藏界，調合指佛教、神道教融合壹體，如日本《羅山文集》卷六十九：“所謂兩部習合神道，乃最澄、空海等之沙門，以佛法合於佛道，以胎藏、金剛兩界合於陰陽，遂以為神佛本跡壹體。”這種神道學說是以本地垂跡理論為指導，用真言宗“金胎（金剛界和胎藏界）不二”思想為基礎建立起來的。
認為世界萬有的基本要素是金剛界（智、心、識）和胎藏界（理、色、地、水、火、風、空），而大日如來是統壹金、胎兩部的本體，壹切皆為大日如來的化身。伊勢神宮內宮所祀天照大神為胎藏界的大日如來；外宮所祀豐受大神為金剛界的大日如來。從鐮倉到室町時期（約13～15世紀），教理逐漸系統化。主要文獻有《麗氣記》、《中臣祓兩部鈔》等。
天臺神道
亦稱日吉神道（因所奉山王在日吉神社）、山王壹實神道。以天臺宗空、假、中三諦圓融教義為基礎而建立。認為釋迦牟尼是壹切神、壹切存在的本體，也是日本天臺宗大本山比睿山保護神山王的本體；山家（天臺宗）的山字的豎三畫即空、假、中三諦，橫壹畫即壹字，這是三諦即壹之意；同樣，山王的王字的橫三畫為三諦，豎壹畫為壹，也是三諦即壹。日本天臺宗用這種學說來論證神佛同體之義。主要文獻有《山家要略記》、《三寶住持集》等。
反佛教神道學派
日本進入鐮倉幕府時期（1192～1333）以後，確立了以封建領主經濟為基礎的武士統治體制。宗教界舊有的佛教宗派如天臺宗、真言宗等日見衰微，而新成立的凈土宗、真宗、日蓮宗以及新從中國傳入的臨濟宗、曹洞宗正在迅速傳播，在神道界也出現了反對佛教的神道學派，其中影響大的有：
伊勢神道。14世紀由伊勢神宮外宮祠官度會行忠、度會常昌等創立，故亦稱外宮神道或度會神道。否認本地垂跡說，提出系統的以神道為主體，以儒、佛、道為從屬的神道理論。認為宇宙的本原神是國常立尊，其創造萬物的神妙作用稱做天禦中主神，二神***為壹體。
宇宙本原神具有五行之首的水德，而伊勢外宮所奉的豐受大神是水神和食物神，與天禦中主神也是同體；伊勢內宮所奉的天照大神是日神，具有火德，與豐受大神互相依存；並強調神皇壹體思想，認為“大日本者，神胤也。……神者君之內證，垂慈悲而同塵；君者神之外用，昭儉約而治國”。他們還註重封建道德的宣傳。主要文獻是《神道五部書》。
吉田神道。由室町時期文明年間（1469～1487）京都吉田神社的祠官吉田（祖姓蔔部）兼俱創立，也稱蔔部神道、唯壹神道（謂日本自古唯有神道，“純壹無雜”）。反對“佛主神從”的神道學說，認為宇宙的根本神是太元尊神，《日本書紀》中稱之為國常立尊，它是萬物的本體；不是神為佛的化身，而是佛為神的化身；神道是安人心，防鬼神之道。
人心有喜、怒、哀、樂、愛、惡、欲七個機能，人身有生、長、病、老、死五種機能，而要使這些機能表現正常，就應作“內外清凈”的修行。自稱所創神道是無本宗源神道、大日該國固有之神道。主要文獻是《神道大意》、《唯壹神道名法要集》。