少年偵探團壹行在米花之森裏捕捉甲蟲，柯南在這裏獲得了博士新開發的背帶，竟然可以吊起元太，（這東西在劇末有大用處）其中發現有壹只雌性甲蟲背上帖了帶有OPEN的交叉紙條封印，這是之後的關鍵情報之壹，之後對“標簽甲蟲”的懸疑再次以博士的冷笑話把這個猜測謎題結束，而那個冷笑話是關於中國傳說牛郎和織女的哦
案件是壹個以麻將牌為提示的連續殺人事件
其次是警視廳的內奸，具體的發現是因為那個群馬縣的冒失警察（本劇場版裏已經晉升為警部）在開會後哼哼起了七只烏鴉的旋律，被柯南聽到後追蹤，結果發現了某個警察進了那輛黑色的保時捷，佐藤警官向周圍人提起了毛利偵探辦案時候柯南給的許多提示和不可思議的故事，被某內奸聽到（這個內奸大家絕對想不到多厲害，稍後揭示）
會議中的時候，毛利的冒失推理讓暮目警官贊嘆要是工藤新壹在就好了，橫溝警官說工藤好久不出現了，這時候高木竟然冒失的說出在黑衣騎士的時候工藤出現的故事，被某內奸聽到
壹個黑影在屋子裏用了電腦，因為他是內奸，所以很容易就入侵了警視廳的電腦，屏幕顯示了許多江戶川柯南的檔案
本劇場版首次把TV內容和劇場連接起來，其中包括黑暗騎士章，灰原與組織重逢章，鏡頭轉向柯南和同學在帝丹小學的手工課泥塑，光彥捏的是甲蟲，步美是月兔，而原太是鰻魚- -|||，柯南是海豚
深夜，壹個黑影分別侵入了帝丹高中以及帝丹小學，這就是那個內奸，因為他了解了柯南的資料和壹些故事後產生懷疑，拿走了海豚泥塑上的鰭和黑衣騎士的衣服，對比了海豚鰭上的柯南的指紋以及黑衣騎士演劇的套裝上工藤新壹的指紋，結果發現98%壹致！此事鏡頭轉向小蘭打碎了柯南的飯碗，似乎暗示了什麽厄運
此後嫌疑人鎖定無關人物，抓捕過程中又是那個群馬警部提早亮出了警官證導致抓捕壹度失敗，嫌疑人的女友緊張下以刀威脅警察要放了他男友，並用刀刺向琦玉縣警部（首次登場的警察之壹，有幾分妃英理的氣質），這時候目暮警官擋下了那壹刀，也就是預告片了的那段，並非是被黑暗組織的人刺殺，嫌疑犯本人則劫持人質，而那人質不是別人，正是苦艾酒裝扮的人，之後柯南偷偷跟到了地下停車場結露她的身份，理由是追蹤眼睛看到她左褲筒裏有手槍形狀的痕跡，至於苦艾酒為什麽故意被劫持，我就留個謎底吧，苦艾酒給了柯南的提示是組織的另外壹個人，愛麗舍，即那個警視廳內奸。。。愛麗舍是新人，是我自己根據日語發音翻譯的
鏡頭轉向關西的京都和大阪，柯南給服部電話，要他調查那個京都賓館火災事件，可是和葉在旁邊嚇了服部壹跳，於是在窗邊接電話的服部險些從3樓掉下去摔死
預告片中雖然黑暗組織的狙擊手瞄準了佐藤和高木的頭，但是打的卻是汽車輪胎，他們還沒那麽傻直接和警視廳對著幹，只是給了個警告，之後佐藤開始懷疑警視廳內有內奸，因為他們的行動路線被掌握
真正的嫌疑人是壹個十分娘娘腔的男人，姓水谷，女友叫奈奈，死於壹起賓館火災事件，至於事件和復仇理由我也留作謎底，本來是7張麻將牌，但是聽到有人說真正的嫌疑人水谷說到8個人不能原諒時候明白了
毛利小五郎雖然開始推理錯誤，但是後期在群馬山野觀看北鬥七星時得到啟發，成功推理了壹些脈絡
警視廳壹行向東京塔奔襲
而博士那邊接連發現身上貼有交叉封印的甲蟲，少年偵探隊的小朋友們認為這是求救，於是到了第壹次目擊甲蟲的地點，這時候回憶預告片，那時候少年偵探隊3個真正的小學生似乎被襲擊了驚訝的慘叫，但是事實上那是博士不放心他們被灰原勸說來到了樹林的突然出現嚇到了步美等人，在那裏發現壹個小屋，但是亮著燈，裏面閃過拿手槍的人的身影，於是博士給高木和佐藤電話，高木佐藤臨時改道去了米花之森，森林入口閃過壹輛摩托車，不是別人的，正是苦艾酒的車子，而那個屋子裏閃過的拿槍的影子。。。
警視廳長松本和眾人到達東京塔
柯南則通過調查知道娘娘腔的水谷和奈奈的興趣是看星星，單槍匹馬到了東京塔，水谷似乎正準備結束自己，柯南又壹次像忘記了黑暗組織壹樣開始耍酷做推理
最驚險的時刻，突然發現壹個黑影閃過，白鳥，千葉等景觀竟然全被打昏！！！！！
推理結束的時候，奈奈的哥哥抓狂，拿出刀子刺向柯南，柯南準備反擊，手槍突然響了，警視廳廳長松本出現，還說真及時啊
但是。。。。。。為什麽那些打昏的刑警裏沒有警視廳長呢。。。因為現實是可怕的，於此同時米花森的小屋裏那個人真的發現了壹個被綁架的人，那人不是別人，正是松本廳長本人！而東京塔的松本廳長卻是黑衣組織的人偽裝的，那個偽裝者，就是愛麗舍！！！柯南早就知道這個松本是偽裝的，於是舉麻醉槍射擊，不料射偏。。。
小蘭為什麽會出現在東京塔呢，因為園子在看電視直播東京塔的時候電視裏獨自奔襲的柯南被電視臺鏡頭捕捉，園子打電話給蘭說發現了柯南的位置，正擔心柯南的蘭知道了之後立刻去了東京塔
奈奈的哥哥舉刀刺向假松本，但是此人功夫了得，反而壹個勾拳打得對方吐血
柯南又開始耍酷推理，說出了愛麗舍的偽裝和黑組織的壹些事情，不料後來愛麗舍壹句話讓他當時就閉嘴了。。。愛麗舍揭露了柯南就是工藤新壹！但是他沒有告訴過琴酒和伏特加，至於為什麽，就是因為聯系到灰原遭遇黑暗組織的那集裏，當時琴酒殺了任務失敗的皮思可，而那個皮思可是愛麗舍尊敬如父親的人啊。。。所以愛麗舍緘默了，即便早知道了柯南的正體也不說給琴酒那些貨色！
之後開始虐柯南，比毛利扔柯南更可怕，壹頓暴打。。。拳拳將柯南打飛，最後壹下踢飛到墻角
之後經過壹段時間，蘭來到柯南那裏，但是她不知道這個松本是假的，先去關照了柯南，看到了預告裏柯南的話，蘭，快逃跑。。。蘭回頭卻發現假松本用手槍指向了她，於是事情回到了TV第壹集新壹告訴蘭子彈的原理，偽裝的松本開槍的時候蘭竟然成功躲避了槍擊，但是飄逸的長發被打碎不少
這個假松本（愛麗舍，非常強壯，而且竟然是蘭級別更以上的空手道高手）蘭的幾次踢頭攻擊全然無效，而最後壹次踢頭把愛麗舍的假臉踢爛了壹半，漏出半張真臉（可以參照NARUTO裏的大蛇丸），於是蘭被嚇了壹跳，驚訝和恐懼之余，反而被愛麗舍壹拳打飛，正要結束蘭的愛麗舍，突然聽到了新壹的聲音，驚訝之余（因為他知道柯南就是新壹）但是不知道變聲器，於是放棄了蘭去追擊柯南，柯南將手表燈埋在門後，愛麗舍看到手表的燈亮後以為柯南在屋子裏就開槍。。。結果卻不是。。。
這時候柯南突然出現，壹個足球踢出去，不想愛麗舍極為強壯，再次無效，而且愛麗舍槍法極準，對著柯南能發出充氣皮球的腰帶和強力踢鞋就是幾槍，於是柯南的寶貝道具除了開頭的新背帶，變聲蝴蝶結和眼鏡，還外寄存在東京塔服務員那的滑板以外，裝備全部報銷
經過追擊，到了塔頂，柯南在樓梯後埋伏壹個漂亮的飛踢成功讓強壯的愛麗舍頭撞臺階眩暈，柯南奪槍，但是黑色直升機突然出現。。。。柯南壹猶豫，愛麗舍反擊，掐住柯南的脖子按在地上。。。在此我不解釋的那個秘密。。。因為那個秘密，愛麗舍被琴酒下令香緹用狙擊槍殘忍殺害了。。。。琴酒。。。。真是太殘忍了，對待同伴毫不留情啊。。。之後快死的愛麗舍知道自己被組織背叛反而告訴柯南，妳要繼續追擊下去啊，將黑暗組織揭露！
柯南被直升機的機槍追到塔頂，機智的他利用了他的背帶伸長反彈能力，自己用背帶跳到了東京塔中部，背帶強力伸縮反彈將壹個東西彈起，正好擊中了黑色直升機，直升機墜毀。。。而琴酒等人生死如何？劇末有透露，但是我不說了。。。看著墜落爆炸的直升機，苦艾酒冷笑著說做的不錯嘛，真不愧是我的銀色子彈
到此結束了。。。。
倉木麻衣歌曲之後，預告柯南決定制作14目劇場版，背景是撥浪滔天的大海上壹個快墜落的飛艇。。。