首先，何謂“靈肉分離”？在第壹哲學沈思錄最開篇的Letter to Sorbonne中，笛卡爾說他想要證明的是immortality of soul（靈魂的不朽），這可能也是普通人壹開始聽到靈肉分離時的感覺。但是，Letter to Sorbonne這封信，從歷史背景來看，其實是笛卡爾去討好索邦大學，希望他們可以幫助他推廣他的第壹哲學沈思錄的產物。因為索邦大學是壹個教會色彩濃重的大學，因此，笛卡爾在給他們的信中，說我的書可以證明靈魂的不朽。但是不管是在沈思錄中文，或者是在笛卡爾晚期編纂的哲學課本Principles of Philosophy中，他所要證明的並未靈魂不朽，或者是靈肉分離，而是diversae substantiae（拉丁文，中文即不同的物質）。英文常翻譯做real distinction。需要特別指出的是，distinction並不代表靈肉可以分離，笛卡爾明確表示了這壹點。在Second Replies中，他說God could have brought it about that mind ceases to exist at the same time as body。在沈思錄的synopsis中他說，靈魂是否不朽取決於物理，而這本書並不涉及物理。因此，嚴格意義上來說，笛卡爾沒有證明靈肉分離，只證明了靈肉是不同的物質。提及的第壹種對前提2的辯護，因此，身體擁有「其存在可以被懷疑」的屬性，而心靈擁有「其存在不可被懷疑」的屬性這個辯護來自於笛卡爾早期作品《方法論》。在沈思錄中，他摒棄了此辯護，原因很簡單，這個辯護很大程度上是錯的。這是語言哲學上面很著名的壹個Hesperus is Phosphorus的悖論。