主要區別如下：
1、三端穩壓器為典型的串聯式模擬電源，效率比較低，特別是當輸入和輸出電壓差比較大時效率更低，為了保護三端穩壓器不被過熱燒毀，通常需要配置較大的散熱器；電源模塊通常為開關電源，效率比較高，發熱量小，在同等功率輸出的情況下，不需要很大的散熱器。
2、三端穩壓器工作時不產生任何電磁輻射，輸出波紋非常低，在對效率沒有特殊要求的情況下，適用於各種電器供電；而電源模塊工作時還產生壹定的電磁輻射，輸出波紋比較高，常用於抗幹擾比較強的電子設備。
4、三端穩壓器對電網沒有電磁幹擾，屬於潔凈電源；電源模塊通常會對電網有壹定的幹擾，需要加入電磁吸收電路。
5、三端穩壓器常用於音頻電子設備或純直流供電設備，如各種音響，電子測量儀器；電源模塊常用於數碼電子設備和對電磁幹擾沒有要求的電子設備。