（1）心力衰竭：是最常見的並發癥，主動脈瓣受損者最常發生（75%），其次為二尖瓣（50% ）和三尖瓣（19% ）。早期發生者通常是由嚴重主動脈瓣、二尖瓣關閉不全或腱索斷裂所致。如在感染控制後出現充血性心力衰竭，可能是瓣膜病變所致心室前後負荷過重，心肌損傷，包括心肌炎、間質性心肌纖維化等所致。如治療延誤或抗生素無效，充血性心力衰竭有很高的病死率。
（2）心肌膿腫；常見於急性者，可發生於心臟任何部位，以瓣周組織特別是在主動脈瓣環處常見，可致房室和室內傳導阻滯。化膿性心包炎不多見。
（3）急性心肌梗死：大多由冠狀動脈栓塞引起，以主動脈瓣感染時多見，少見原因為冠狀動脈血栓形成或細菌性動脈瘤。
（4）心肌炎。
2.動脈栓塞
急性者較亞急性者多見，較大贅生物栓塞發生率高。常發生於病程晚期，也可為首發癥狀,或在感染控制後數周至數月發生。有效的抗生素治療可迅速降低栓塞發生率。
3.腎臟損害
大多數患者有腎損害。包括腎動脈栓塞、腎梗死和免疫復合物所致繼發性腎小球腎炎以及腎膿腫。
氮質血癥或明顯的腎衰竭常是由彌漫性腎小球腎炎所致,在治療初期可進壹步加劇，但常隨有效的抗生素治療而改善。充血性心力衰竭合並腎衰竭是感染性心內膜炎死亡率增高的重要原因之壹。
4.神經系統損害
腦栓塞常見，占其中50%，主要累及大腦中動脈及其分支。5%的感染性心內膜炎患者可發生顱內出血，由腦栓塞或細菌性動脈瘤破裂引起。中毒性腦病可有腦膜刺激征。
5.細菌性動脈瘤
是壹種細菌所致侵襲性動脈炎，約占3%?5%，多見於亞急性者，受累動脈依次為近端主動脈（包括主動脈竇）、腦、內臟和四肢，壹般見於病程晚期。顱內動脈瘤易致腦出血。