成人與兒童的不良反應譜是壹致的。接受齊多夫定進行治療的患者中曾有下列不良反應的報道，它們可能是與其它藥物聯合治療HIV有關，也可能是潛在疾病進展過程的壹部分。不良反應與使用齊多夫定的關系很難判斷，特別是當晚期HIV疾病患者處於復雜的用藥狀況下，在下列現象出現時，應減少或暫時停止齊多夫定的治療：心血管：心肌病。胃腸道：惡心、嘔吐、口粘膜色素沈著、腹痛、吞咽困難、厭食、腹瀉、胃腸脹氣。血液學：貧血（可能需要輸血）、中性粒細胞減少癥、白細胞減少、再生障礙性貧血。上述情況多見於接受大劑量治療（1200–1500mg/天）和晚期HIV患者（特別是治療前骨髓功能儲備差者），特別是當患者CD4細胞計數小於100/mm[sup]3[/sup]時。必要時需減量或終止治療（參見註意事項）。接受齊多夫定治療初期中性粒細胞計數、血紅蛋白水平及血清維生素B12水平偏低者，中性粒細胞減少的發生率增加。血小板減少癥、全血細胞減少（伴骨髓再生不良）和真性紅細胞發育不良。肝臟/胰腺：肝臟功能紊亂如嚴重的脂肪變性相關的肝腫大，血中肝酶水平和膽紅素升高及胰腺炎。代謝/內分泌：非低氧血癥性乳酸酸中毒。肌肉骨骼：肌痛、肌病。神經學/精神病學：頭痛、頭暈失眠、感覺異常、嗜睡、喪失智力、驚厥、焦慮、抑郁。呼吸道：呼吸困難、咳嗽。皮膚：指甲和皮膚色素沈著、皮疹、蕁麻疹、瘙癢、出汗。其它：尿頻、味覺倒錯、發熱、不適、全身痛、冷顫、胸痛、感冒樣綜合征，男子女性型乳房，虛弱。安慰劑對照及開放試驗的結果表明，接受齊多夫定治療後數周內，惡心及其它臨床常見不良反應的發生率將逐步下降。齊多夫定用於預防母–嬰傳播的不良反應：在安慰劑對照研究中（ACTG076），孕婦對於推薦用於此適應癥的劑量耐受性良好。臨床不良反應和實驗室異常在齊多夫定和安慰劑組相似。在相同的研究中，血紅蛋白濃度在暴露於齊多夫定的嬰兒中略低於安慰劑組的嬰兒，但不需要輸血。貧血在完成齊多夫定治療6周內緩解。其它臨床不良反應和實驗室異常在齊多夫定和安慰劑組相似。宮內和嬰兒暴露於齊多夫定的遠期後果尚不清楚。