深圳市審計局政府投資審計專業局
深圳市審計局政府投資審計專業局(簡稱政府投資審計專業局)為負責政府投資審計的行政事務機構，副局級建制，由市審計局管理。政府投資審計專業局負責政府投資項目預算執行情況和決算以及與本級政府投資項目直接有關的建設、勘察、設計、施工、監理、采購、供貨等單位財務收支的審計監督;實施政府投資項目預算、工程結算、竣工決算的審查和監督，審計監督政府投資項目工程招投標和國有資產移交;組織與政府投資項目有關的專項審計或審計調查以及委托審計項目招投標和對委托審計項目的管理，承擔市政府投資項目審計監管領導小組交辦的專項審計事項及其它任務。
領導班子及分工：何銳軍局長主持投資局全面工作；羅振雄副局長分管辦公室和總審室；馬垣勛副局長分管審計壹處和審計二處；張開副局長分管審計三處和軌道組；陳力總審計師分管審計四處和大運組。
政府投資審計專業局內設6個處室(均為副處級):辦公室、總審室、審計壹處、審計二處、審計三處、審計四處；另設兩個審計工作組（臨時機構）：派駐大運會項目審計工作組（簡稱大運組）、派駐軌道交通項目審計工作組（簡稱軌道組）。
深圳市審計局經濟責任審計專業局
深圳市審計局經濟責任審計專業局(副局級建制，簡稱經濟責任審計專業局)由市審計局管理。經濟責任審計專業局負責對全市經濟責任審計工作的組織、協調、指導、檢查;具體實施對市直屬黨政機關、事業單位、群眾團體的領導幹部，各區黨政領導幹部及設在各區的市垂直管理的部門、單位的領導幹部，市屬國有企業法定代表人和市政府投資項目責任人的任期經濟責任審計工作。
領導班子及分工：經濟責任審計專業局局長沈安利負責主持全面工作。
經濟責任審計專業局內設3個處室(均為副處級):總審室、審計壹處、審計二處。其後勤等有關工作由市審計局統壹管理。