引物是短的寡核苷酸片段，充當DNA復制的起點。因為幾乎所有DNA聚合酶都不能從頭合成，所以它們需要壹個3羥基作為DNA合成的起始點。
這個3羥基由相配的引物提供。在體內，由於DNA聚合酶的忠實性，不能從頭合成DNA，因此只能由RNA聚合酶稱為引物酶生成，采用RNA引物來延伸，在延伸過程中，RNA引物降解並由DNA取代。在體外PCR反應中所用到的DNA引物，是根據不同的要求及模板序列設計，然後用化學法人工合成的，與模板形成雙鏈後在DNA聚合酶的作用下就可以繼續鏈的延伸。對於大多數PCR反應，決定整個反應成功與否的最重要因素是引物的序列和質量。