酵母菌是單細胞的直核微生物，在工業、農業、食品加工等領域中廣泛被利用。但它在銀耳生產中卻是有害的，常見酵母菌有酵母屬（Saccbaromyces）和紅酵母屬（Phodotorula）。
（1）形態特征
酵母菌為單細胞，卵圓形、檸檬形，有些酵母菌與其子細胞連在壹起形成鏈狀假菌絲。酵母菌的菌落有光澤，邊緣整齊，較細菌大、厚，顏色有紅、黃、乳白等不同類別。酵母菌形態見圖34。
圖34 酵母菌形態
（2）發生與危害
酵母菌廣泛分布於自然界，以無性繁殖為主，其母細胞以出芽形式長成壹個細胞，即所謂芽殖。在空氣、含糖類的基質以及果園土壤中均可生存，並能不斷繁殖。培養基配制時，常因含水量偏高，拌料裝袋時間拖延，基質偏酸，極易受酵母菌侵襲；加之料袋滅菌不徹底，培養室適溫，因此十分有利該菌繁殖。受害後培養料變質，呈濕腐狀，散發出酒糟氣味；菌種接入料中菌絲不萌發、不定植，造成栽培袋酸敗。子實體被害後耳片耳根變紅，出現紅銀耳病狀，最後腐爛。
（3）防治辦法
首先把好原料關，特別是棉籽殼和麥麩要求無黴變。使用前將棉籽殼暴曬24小時，配制時拌料、裝袋時間不超過4小時，因培養料加水及糖等有機物後，時間拖延極易引起變酸；料袋滅菌要求達100℃，保持16～18小時，使潛存的酵母菌殺滅致死。壹旦發現經測定確認是酵母菌危害時，只能將菌袋剖開，把培養料取出攤鋪於水泥地上，並按料量加入3%生石灰拌勻，整成堆悶24小時後，再攤開讓烈日暴曬至幹，配合新料再利用。