主要區別是，性質不同、特點不同、應用不同，具體如下：
壹、性質不同
1、棉綸
棉綸是改性的聚丙烯纖維 ，用它開發生產的超棉綸內衣、浴衣、T恤等產品，其保暖、吸水、導濕、快幹、抗菌等性能均較為優越，屬於高檔面料。
2、滌綸
滌綸壹般指聚酯纖維，是由有機二元酸和二元醇縮聚而成的聚酯經紡絲所得的合成纖維，屬於高分子化合物。
二、特點不同
1、棉綸
聚丙烯纖維有比重小、不吸水、熱傳導系數低、耐化學品性好、衛生性好等優點。通過向聚丙烯原料中加入添加劑的辦法，可有效改善熔體的流動性，由於細旦化後的幾何特性、表面效應、光澤效應和力學特性，使纖維壹改原來手感差、臘澤感、吸濕性差等缺點，具有非常柔軟的手感、柔和的光澤和優良的吸濕導汗性。
2、滌綸
最大的優點是抗皺性和保形性很好，具有較高的強度與彈性恢復能力。其堅牢耐用、抗皺免燙、不粘毛。
三、應用不同
1、棉綸
主要是沖鋒衣使用。透氣性比較好。
2、滌綸
特別適於織造仿毛呢、嗶嘰等西裝面料，外衣、外套以及各種裝飾織物如窗簾、臺布、沙發面料等。
以上內容參考：百度百科-棉綸、百度百科-滌綸