雲縣地處滇西橫斷山系縱谷區南部，屬深度切割中山寬谷、峽谷區。是第四紀更新世初期喜馬拉雅運動大面積強烈的差別擡升所形成。山脈大多為西北—東南走向，地勢東西高，中部稍低，相對高差2350米。最高點為雲縣與臨滄縣交界的大雪山，海拔3429米；最低點為幸福鎮邦洪村委會所駐地的南汀河邊，海拔748米。
雲縣地貌大致分為3種類型：河谷盆地、中切割中山寬谷區、深切割中山峽谷區。 雲縣主要森林植被類型分為4個區、7個森林類型。主要野生植物有雲南松、思茅松、榕樹、八寶樹、羊蹄甲、毛葉青崗、旱冬瓜、麻櫟、西南樺、小果栲、木棉、紅木荷、刺桐、黃杞、杜鵑、楊梅、木蓮、山蒼子、厚皮香、高山栲、華山松、棠梨、余甘子、水錦樹、銀木荷、元江栲、鐵核桃、紅花木蓮、滇潤楠、栲類、鐵杉、棗、包頭石櫟、紫莖澤蘭、飛機草、車前草、旱茅、四脈金茅、刺茅、鐵芒萁、野姜、莎草、火絨草、蕨類、天南星、麥冬、龍膽草、香儒、十大功勞、冷水花、百合、蘭花、過江龍、菊科和爵床科的壹些種等。
銀杏、雲南紅豆杉、華蓋木為國家壹級保護植物，桫欏、雲南金錢槭、香樟樹、楠木、厚樸、香木蓮、紅椿、雲南肉豆蔻、喜樹、董棕、香果樹為國家二級保護植物。杜鵑、山茶、核桃、板栗、柿樹為雲南省壹級保護植物，紫薇、柳樹、棗、桃、楊樹為雲南省二級保護植物。 雲縣年平均降水量為1367.2毫米，年平均降水總量為50.1626億立方米。年降水總量豐水年為56.6837億立方米，平水年49.664億立方米，偏枯年44.6447億立方米，枯水年37.622億立方米。年平均徑流深632毫米，年平均徑流總量23.1881億立方米。年徑流量豐水年為27.13億立方米，平水年為22.7243億立方米，偏枯年為19.7099億立方米，枯水年為15.7679億立方米。
雲縣年平均地下水深199.99毫米，年平均地下水量7.3375億立方米。地下水量豐水年為8.3648億立方米，平水年為8.1978億立方米，偏枯年為6.457億立方米，枯水年為5.5031億立方米。