主要區別是，品種不同、形態特征不同、生境分布不同，具體如下：
壹、品種不同
1、藨草
中文學名藨草，拉丁學名Scirpus triqueter L . 別稱野荸藹、光棍子、光棍草。是莎草科、藨草種植物。
2、水蔥
中文學名水蔥，拉丁學名Scirpus validus?Vahl .別稱蔥蒲、莞草、蒲蘋、水丈蔥、沖天草。是莎草科、水蔥種植物。
二、形態特征不同
1、藨草
苞片1枚，三稜形，簡單長側枝聚繖花序假側生，小穗卵形或長圓形，密生許多花。鱗片長圓形、橢圓形或寬卵形，頂端微凹或圓形，長3-4毫米，膜質，黃棕色，背面具1條中肋，稍延伸出頂端呈短尖，邊緣疏生緣毛。小堅果倒卵形，平凸狀，長2-3毫米，成熟時褐色，具光澤。花果期6-9月。
2、水蔥
苞片1枚，直立，鉆狀，常短於花序，極少數稍長於花序，長側枝聚繖花序簡單或復出，小穗單生或2-3個簇生於輻射枝頂端，卵形或長圓形，頂端急尖或鈍圓，具多數花，鱗片橢圓形或寬卵形，頂端稍凹，具短尖，膜質，棕色或紫褐色，有時基部色淡。小堅果倒卵形或橢圓形，雙凸狀，少有三稜形，長約2毫米。花果期6-9月。三、生境分布不同
1、藨草
喜生於潮濕多水之地，常於溝邊塘邊、山谷溪畔或沼澤地，喜溫暖、濕潤和半陰環境。耐寒，喜水濕，怕幹旱，耐陰。生長適溫 13～19℃，冬季溫度不低於7℃，其地下部可耐-15℃低溫。除廣東、海南外，中國各地區均有分布，俄羅斯、歐洲和印度、朝鮮、日本等國也有。
2、水蔥
生長在湖邊、水邊、淺水塘、沼澤地或濕地草叢中，最佳生長溫度15-30℃，10℃以下停止生長。能耐低溫，北方大部分地區可露地越冬。產於中國東北各省、內蒙古、山西、陜西、甘肅、新疆、河北、江蘇、貴州、四川、雲南；也分布於朝鮮、日本，澳洲、南北美洲。
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