學校設有醫療器械工程系、醫學電子與信息工程系、醫學影像工程系、管理系、基礎教學部、圖文信息中心及教務科研處、學生處、招生就業辦公室等十壹個職能處室。
學校專科專業開設醫用電子儀器、精密醫療器械、醫學影像設備、臨床工程技術、醫療器械檢測技術、藥劑設備、市場營銷（醫療器械營銷）等18個專業及專業方向。專科在校生規模達4000余人。學校所開設的專業，大都結合了學校獨有的醫療器械專長，在國內具有鮮明的專業特色。其中，醫學影像設備、醫用電子儀器、藥劑設備等三個專業屬教育部批準的專科教學改革試點專業；臨床工程技術專業是中日合作辦學專業，填補了國內空白。