式（1.23）、式（1.26）和式（1.30）是地下水流的控制方程。為了在某個特定的空間範圍內獲得控制方程的特定解，還必須知道邊界條件。如果流動狀態是隨時間變化的，還必須知道初始條件。
邊界條件壹般包括3種類型。
（1）第壹類邊界條件（Dirichlet條件）
對於特定空間範圍的水流問題，如果水頭在某個邊界上是已知的，則這部分邊界屬於第壹類邊界，可表示為
地下水運動方程
式中：B1表示第壹類邊界的空間位置；H1表示已知的水頭值。如果H1不隨時間變化，則B1是固定水頭邊界。當H1恒定為零時，上述邊界條件為齊次Dirichlet條件。
（2）第二類邊界條件（Neumann條件）
對於特定空間範圍的水流問題，如果某個邊界上的法向水力梯度是已知的，則這部分邊界屬於第二類邊界。第二類邊界可表示為
地下水運動方程
式中：B2表示第二類邊界的空間位置；n為B2的外法線方向；I2表示已知的水力梯度，指向第二類邊界的外法線方向。如果I2＝0，則B2是不透水邊界（隔水邊界）。當I2恒定為零時，上述邊界條件為齊次Neumann條件。
（3）第三類邊界條件（Robin條件）
對於特定空間範圍的水流問題，如果某個邊界上的法向水力梯度與水頭具有確定的線性關系，則這部分邊界屬於第三類邊界，可描述為
地下水運動方程
式中：B3表示第三類邊界的空間位置；n為B3的外法線方向；α和β是兩個常數，但可
以隨空間位置變化。當β恒定為零時，上述邊界條件為齊次Robin條件。
在實際問題的研究中，還可能遇到比上述3種類型更復雜的邊界條件。但是，邊界條件的復雜性會給控制方程的求解帶來困難。地下水流問題求解域上的所有邊界都必須對應某種邊界條件，否則得不到控制方程的特定解。
當控制方程式（1.23）、式（1.26）和式（1.30）中含有時間的項為零時，地下水流問題是靜態的、穩定的，只需要邊界條件即可求解。如果含有時間的項存在，則地下水流問題是瞬態的、非穩定的，在邊界條件的基礎上，還必須具備初始條件。
初始條件指某個參考時刻求解域內的水頭分布。取參考時刻的相對時間為零，則初始條件可表示為
地下水運動方程
式中：H0表示初始時刻的水頭值。當H0恒為零時，初始條件是齊次的。