鼻咽結核常表現為粘膜潰瘍或肉芽腫形成，患者可有鼻塞、流涕、聽力減退等，可於病理檢查中確診。口咽及喉咽結核主要有粟粒型或潰瘍型兩種，粟粒型咽結核常繼發於嚴重的肺結核（如粟粒型肺結核等）有明顯的全身中毒癥狀，咽痛劇烈，可向耳部放射，嚴重影響吞咽。咽部粘膜蒼白，軟腭，腭弓或咽後壁等處可見多數散在的粟粒大結節，以後迅速發展為淺表潰瘍，邊緣不整齊，表面被覆汙穢滲出物，潰瘍型咽結核好發於腭弓或咽後壁，壹處或數處不等，發展較慢，潰瘍亦可向深部發展，致軟腭穿孔，腭弓或懸雍垂缺損，愈合後遺留疤痕性狹窄或畸形。腭扁桃體及腺樣體結核常無明顯癥狀，屬隱性結核，多於病檢中發現，可能與飲用未消毒或消毒不嚴的牛奶有關（牛型結核菌），扁桃體結核常伴頸部結核性淋巴結炎，腺樣體結核合並頸後三角區淋巴結腫大者可能為原發性。