1.兩者設立的目的不同 非營利性組織以促進公益事業為宗旨,不以營利為目的,不追求投資的經濟回報。營利性組織以營利為目的,追求利潤最大化,追求投資的經濟回報。
2.兩者資金的來源不同 非營利性組織的資金來源主要有:政府出資或資助;社會的捐贈;承擔政府、企業和其他社會組織和個人委托的項目而收取的費用;經過管理部門的批準。
3.非盈利機構與非營利機構是截然不同的概念，“盈利”是指以利潤為目的。“非盈利”的含義並不是經濟學意義上的無利潤，更不是不講經營之意，而是壹個用以界定組織性質的詞匯。非營利性組織是壹類不以市場化的營利目的作為自己宗旨的組織；
4.非營利組織是指不是以營利為目的的組織，目標通常是支持或處理個人關心或者公眾關註的議題或事件。非營利組織所涉及的領域非常廣，包括藝術、慈善、教育、政治、宗教、學術、環保等等。非營利組織的運作並不是為了產生利益，這壹點通常被視為這類組織的主要特性；
5.非營利管理，以前只用於組織，但現在有的大型企業，特別是願意體現社會責任感，願意營造高尚企業文化的超大型企業，現在也在運用非營利管理的壹些管理要點在工作，並且提升企業的社會地位；
6.營利性組織：是要實現經營利潤的；而非營利性組織，壹般從事公益性事業，是不實現利潤。因為盈利性組織，是搞生產、銷售等產業，經營活動的目的是實現利潤，提高員工福利待遇的；而非盈利組織，是國家、企業、個人無償出資組織的機構，無償的給社會提供服務的。
法律依據：
《中華人民***和國企業所得稅法》
第二十六條 企業的下列收入為免稅收入：
（壹）國債利息收入；
（二）符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益；
（三）在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯系的股息、紅利等權益性投資收益；
（四）符合條件的非營利組織的收入。