《皇城根兒》講述了壹個傳統的中醫世家面對日新月異的社會變化，遭遇倫理與觀念的沖擊，血緣的延續，技藝的傳承，引發了這個三世同堂之家的矛盾和反思。
金家大院的主人是老中醫金壹趟，他不僅醫術高超，更憑借秘不示人的“再造金丹”醫好了無數疑難病癥，因而聲名顯赫。他膝下無子，只有金秀和金枝兩個女兒。
三年前，金秀尊父命與父親的養子張全義結婚，但壹直未能懷孕，金壹趟為金丹後繼無人而憂慮。壹天深夜，張全義意外撿到壹個剛滿月的男嬰並抱回家，幾經波折後被金家收留，取名金興，不想金家從此失去平靜。
金壹趟在密室受驚嚇，金秀成了養母後又有了身孕，她的情人在離別三年後又突然出現，雙方舊情難了。金壹趟的次女金枝結識了歌星陳玉英和想得到再造金丹的某公司經理徐伯賢，由此也被牽連進再造金丹所引發的壹系列矛盾中。
再造金丹以強烈的誘惑，使各種人物自願或不自願地改寫了各自的人生軌跡，並使他們的命運交融在壹起，演出了壹幕幕動人心魄的人間悲喜劇。