主要區別是，性質不同、特點不同、適用範圍不同，具體如下：
壹、性質不同
1、聚氨酯防水塗料
聚氨酯防水塗料是由異氰酸酯、聚醚等經加成聚合反應而成的含異氰酸酯基的預聚體，配以催化劑、無水助劑、無水填充劑、溶劑等，經混合等工序加工制成的單組分聚氨酯防水塗料。
2、橡膠瀝青防水塗料
橡膠瀝青防水塗料運用高分子合成技術，是新型特級橡膠防水塗料，加入了環氧樹脂和樹脂基團，具多功能與環保合壹體的防水塗料。
二、特點不同
1、聚氨酯防水塗料
（1）、能在潮濕或幹燥的各種基面上直接施工 。
（2）、與基面粘結力強，塗膜中的高分子物質能滲入到基面微細細縫內，追隨型強。
（3）、塗膜有良好的柔韌性，對基層伸縮或開裂的適應性強，抗拉性強度高。
（4）、 耐候性好，高溫不流淌，低溫不龜裂，能耐油、耐磨、耐臭氧、耐酸堿侵蝕。
（5）、塗膜密實，防水層完整，無裂縫，無針孔、無氣泡、水蒸氣滲透系數小，既具有防水功能又有隔氣功能。
2、橡膠瀝青防水塗料
固化後成橡膠狀高彈性無接縫，無接頭的防水防腐層，為連續封閉體系。在頂面，平面，立面，斜面等各種幹燥基面上粘接牢固。對任何形狀復雜，管道縱橫的部位都容易施工。
三、適用範圍不同
1、聚氨酯防水塗料
適用於屋面和廁浴間、地下室、蓄水池、墻面的防水，防滲、防潮。
2、橡膠瀝青防水塗料
適用各種工業，民用建築物，屋頂，天溝，陽臺，外墻，衛生間，廚房，地下室，水池，下水道，礦井，隧道，管道，橋梁灌縫，地下地上金屬管道，高低溫管道，保溫管內外壁等防水，防潮，防腐蝕等工程。
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