生物芯片雖然只有10多年的歷史，但包含的種類較多，分類方式和種類也沒有完全的統壹。 (1)生物電子芯片：用於生物計算機等生物電子產品的制造。
(2)生物分析芯片：用於各種生物大分子、細胞、組織的操作以及生物化學反應的檢測。
前壹類目前在技術和應用上很不成熟，壹般情況下所指的生物芯片主要為生物分析芯片。 (1)主動式芯片：是指把生物實驗中的樣本處理純化、反應標記及檢測等多個實驗步驟集成，通過壹步反應就可主動完成。其特點是快速、操作簡單，因此有人又將它稱為功能生物芯片。主要包括微流體芯片(microftuidic chip)和縮微芯片實驗室(lab on chip，也叫“芯片實驗室”，是生物芯片技術的高境界)。
(2)被動式芯片：即各種微陣列芯片，是指把生物實驗中的多個實驗集成，但操作步驟不變。其特點是高度的並行性，目前的大部分芯片屬於此類。由於這類芯片主要是獲得大量的生物大分子信息，最終通過生物信息學進行數據挖掘分析，因此這類芯片又稱為信息生物芯片。包括基因芯片、蛋白芯片、細胞芯片和組織芯片。 (1)基因芯片(gene chip)：又稱DNA芯片(DNA chip)或DNA微陣列(DNA microarray)，是將cDNA或寡核苷酸按微陣列方式固定在微型載體上制成。
(2)蛋白質芯片(protein chip或protein microarray)：是將蛋白質或抗原等壹些非核酸生命物質按微陣列方式固定在微型載體上獲得。芯片上的探針構成為蛋白質或芯片作用對象為蛋白質者統稱為蛋白質芯片。
(3)細胞芯片(cell chip)：是將細胞按照特定的方式固定在載體上，用來檢測細胞間相互影響或相互作用。
(4)組織芯片(tissue chip)：是將組織切片等按照特定的方式固定在載體上，用來進行免疫組織化學等組織內成分差異研究。
(5)其他：如芯片實驗室(Lab on chip)，用於生命物質的分離、檢測的微型化芯片。現在，已經有不少的研究人員試圖將整個生化檢測分析過程縮微到芯片上，形成所謂的“芯片實驗室”(Lab on chip）。芯片實驗室是生物芯片技術發展的最終目標。它將樣品的制備、生化反應到檢測分析的整個過程集約化形成微型分析系統。由加熱器、微泵、微閥、微流量控制器、微電極、電子化學和電子發光探測器等組成的芯片實驗室已經問世，並出現了將生化反應、樣品制備、檢測和分析等部分集成的芯片）。“芯片實驗室”可以完成諸如樣品制備、試劑輸送、生化反應、結果檢測、信息處理和傳遞等壹系列復雜工作。這些微型集成化分析系統攜帶方便，可用於緊急場合、野外操作甚至放在航天器上。例如可以將樣品的制備和PCR擴增反應同時完成於壹塊小小的芯片之上。再如Gene Logic公司設計制造的生物芯片可以從待檢樣品中分離出DNA或RNA，並對其進行熒光標記，然後當樣品流過固定於柵欄狀微通道內的寡核苷酸探針時便可捕獲與之互補的靶核酸序列。應用其自己開發的檢測設備即可實現對雜交結果的檢測與分析。這種芯片由於寡核苷酸探針具有較大的吸附表面積，所以可以靈敏地檢測到稀有基因的變化。同時，由於該芯片設計的微通道具有濃縮和富集作用，所以可以加速雜交反應，縮短測試時間，從而降低了測試成本。