為了平息車臣日益猖獗的分裂主義勢力，維護國家的領土完整，1994年12月，俄羅斯當局出動6萬軍隊，對車臣非法武裝進行打擊。由於種種原因，1996年8月31日，俄聯邦政府和車臣非法武裝在俄達吉斯坦***和國境內的哈薩維尤爾特達成協議，規定將車臣地位問題擱置5年。歷時20個月的車臣戰爭以壹紙“哈薩維尤爾特協定”而告終，聯邦部隊於1997年1月全部撤出車臣。
1997年1月，車臣舉行總統選舉，馬斯哈多夫當選。同年5月，俄聯邦與車臣簽署和平與相互關系原則條約。但是，馬斯哈多夫仍然堅持車臣是“獨立國家”， 不僅拒不執行和平協定，而且加緊分裂活動。尤其令俄羅斯當局不安的是，在馬斯哈多夫領導下的車臣，極端民族主義勢力不僅在車臣境內加緊分裂活動，而且武裝襲擊與其毗鄰的達吉斯坦，企圖與該自治***和國壹起建立“神權政治國家”。因此，1999年8月俄當局出兵10萬，打響了第二次車臣戰爭。
2000年1月俄政府宣布馬斯哈多夫為車臣不合法的總統後，他躲藏到車臣南部山區，成為車臣非法武裝的3大頭目之壹，組織和領導車臣非法武裝與俄軍對抗。俄政府軍經過空中轟炸和地面圍剿，大股車臣非法武裝被消滅。但是，車臣剩余的非法武裝化整為零，在車臣內外采取遊擊戰術，不斷在俄羅斯各地制造恐怖事件。特別是近幾年來，車臣非法武裝分子活動猖獗，劫持人質、炸毀客機等，造成大量人員傷亡。
2002年10月23日，數十名車臣武裝分子在莫斯科杜布羅夫卡劇院將800多名正在觀看演出的觀眾和演職人員劫為人質。3天後，俄特種部隊向劇院內施放催眠氣體後，成功地解救了大多數人質，但仍有130名人質不幸喪生。俄軍隨即在車臣展開了大規模清剿行動。2004年9月1日，馬斯哈多夫與車臣非法武裝的另壹個頭目巴薩耶夫策劃和制造了震驚世界的俄北奧塞梯***和國別斯蘭市第壹學校劫持人質事件，俄當局隨後懸賞約1000萬美元緝拿他們。
遇難的俄聯邦車臣總統卡德羅夫
根據形勢的發展，俄羅斯總統普京提出必須加快車臣立憲進程。2002年12月11日，車臣人民代表大會舉行，討論車臣新憲法和選舉法草案。次日，普京發布關於車臣全民公決的總統令。2003年3月23日，車臣就是否贊成新的***和國憲法草案、總統選舉法草案、議會選舉法草案舉行車臣歷史上第壹次全民公決。全民公決通過的車臣新憲法規定，車臣是俄聯邦領土不可分割的壹部分。這從法律上確定車臣作為俄聯邦壹個主體的地位，進而保證俄聯邦主權和領土完整。2003年10月5日舉行全民選舉，車臣***和國行政長官卡德羅夫當選俄聯邦車臣***和國總統，任期4年，這是根據新選舉法選舉的第壹位車臣總統。
2004年5月9日，車臣非法武裝在格羅茲尼勝利日慶祝活動中再次制造恐怖爆炸事件，車臣***和國總統艾哈邁德·卡德羅夫和俄高加索聯合集群司令巴拉羅夫在這次事件中被炸身亡。9月1日，馬斯哈多夫與車臣非法武裝的另壹個頭目巴薩耶夫策劃和制造了震驚世界的俄北奧塞梯***和國別斯蘭市第壹學校劫持人質事件，俄當局隨後懸賞約1000萬美元緝拿他們。2007年4月，車臣新總統拉姆贊·卡德羅夫宣誓就職，他是車臣首任總統艾哈邁德·卡德羅夫之子。
2005年3月8日，車臣非法武裝頭目馬斯哈多夫在車臣北部被擊斃 。2006年6月17日，車臣非法武裝重要頭目薩杜拉耶夫當天被車臣警方擊斃 。同年7月10日，車臣非法武裝頭目巴薩耶夫在俄印古什***和國被俄軍警擊斃