壹.企業經濟效益審計的基本程序
與其他審計程序壹樣，企業經濟效益審計也包括準備、實施和結束三個階段。但是，在這三個階段中，經濟效益審計所進行的具體活動，與財務審計和財經法紀審計是有所不同的。首先，企業經濟效益審計在準備階段要搜集更為全面和內容比其他審計更多、更復雜。其次，企業經濟效益審計需要編制更具體和細致的審計計劃及其實施方案。因此經濟效益審計工作實際操作難度更大。第三，企業經濟效益審計不采取突擊審計的方式，在實施審計工作前，要給被審計單位下達審計通知書。第四，企業經濟效益審計報告采取詳式報告，審計報告所反映的內容與其他審計有較大的區別。審計報告中要對被審計單位的經濟效益狀況進行系統分析，指出制約經濟效益提高的因素，提出具體的建議和措施。
企業經濟效益審計除了要運用財務審計和財經審計的方法外，還要運用其他方法。專門運用於企業經濟效益審計工作中的方法包括經濟活動分析方法、經濟預測方法、現代管理方法等等。經濟活動分析方法是對企業的經濟活動進行定量分析和評價的壹種方法，它運用運籌學的原理和方法，分析企業經濟活動的數量和質量指標，並透過各項指標及其關系，分析經濟活動的各個環節及各環節之間的內在聯系，評價企業的經濟管理狀況，擬定挖掘企業內部潛力和改善經營管理的措施。經濟預測方法是運用統計分析的方法，分析預測經濟效益的狀況。此外，企業經濟效益審計所運用的現代管理方法還有決策管理法、統籌法、價值工程等。
二、企業經濟效益審計的主要內容
1、總體經濟效益評價
總體經濟效益評價主要是考察被審計單位是否取得了預期的經營成果、完成了計劃任務等。總體評價主要審查內容：（1）確定已實現的經營成果水平。主要是確定所實現的營業收入、營業利潤、利潤總額、社會貢獻總額、上繳利稅總額、資金利潤率等各項經濟指標水平。（2）審查計劃目標的完成情況。主要是將被審計單位實際數與計劃數、目標數相比較，確定完成程度。（3）與相關指標進行比較，進而總結其成績並揭示其存在的差距。通過與被審計單位不同歷史時期經濟指標的比較，或者與其它單位、同行業先進水平等進行比較，可以發現存在的差距與不足和取得的成績，為進壹步提高經濟效益明確方向。
2、主要業務經營活動審計
業務經營活動直接影響經濟效益。業務經營活動的審計主要是將有關指標的實際水平與計劃、定額、先進水平等進行比較，作出評價。具體包括：常規經營活動的審計，即對采購、存儲、生產和銷售等業務的審查。（1）采購業務審計。主要審查采購計劃制定的正確性，采購計劃的完成情況，采購方式的合理性，采購批量確定的科學性，采購成本水平的變化以及采購費用水平的高低等。（2）存儲業務審計。主要審查儲備定額制定的科學性，儲備計劃的完成情況，儲備場地的利用情況，倉庫管理制度的健全與有效性，材料物資的保證程度等。（3）生產業務審計。主要審查生產計劃制定的科學性及其完成情況，生產任務與生產能力的平衡狀況，生產過程的組織與管理水平，產品質量水平，生產成本水平等。（4）銷售業務審計。主要審查銷售計劃制定的科學性及其完成情況，銷售方式的合理性，銷售費用的高低，銷售收入水平等。 3、專項經濟活動的審計
專項經濟活動的審計包括對外投資、固定資產購建與改造、新產品開發、市場開發等活動的審查。
4、主要經濟資源利用的審計
企業經濟效益是指投入與產出的比例關系。考察效益水平的高低，既要看產出的多少，也要看投入的高低，而經濟活動中的投入主要是指企業所占用和耗用的經濟資源。所以資源利用效益的高低也是企業經濟效益審計的重要內容。審查資源利用效益主要是分析各種經濟活動中所消耗資源的大小，計算資源利用效益的指標並與相關標準進行對照，從中找出資源利用中存在的問題，提出合理利用資源及提高資源利用效益的措施。經濟資源利用效益審查的內容主要有：原材料利用效益、勞動力利用效益、固定資產利用效益、資金利用效益、能源利用效益等。