1883年瑞士德康道爾（A.De.Candolle）基於對古典植物學、古生物學和語言學等的研究，以事實追溯和論證了植物的起源。1928年蘇聯瓦維洛夫（Н.И.Вавилов）依照植物地理學區分法，將從世界各地廣泛獲得的栽培植物和近緣植物，利用形態分類學、遺傳學、細胞學和植物免疫學等手段，確定了世界上8個栽培植物起源中心，後來增加到12個中心。此後，各國學者在其研究基礎上，陸續對本國各種蔬菜的起源、分布與傳播做了大量考察與研究。而正是這些研究為明確各種蔬菜的演變及其親緣關系以及蔬菜的植物學分類提供了科學的依據。除了蔬菜的植物學分類以外，學者還提出了壹些其他分類方法。16世紀中國李時珍撰寫的《本草綱目》中曾將蔬菜分為葷辛菜、蓏菜、柔滑、芝栭和水菜5類。20世紀初葉世界各國的學者根據蔬菜的食用部位、抗寒力強弱、耐光程度等特點又提出多種分類法。如美國的赫德裏克（U.P.Hedrick，1919）和貝利（L.H.Bailey，1924）按植物學形態和特性把蔬菜分為壹年生蔬菜和多年生蔬菜兩大類。壹年生蔬菜中又分為地下根莖類、葉菜類、果菜類、雜類、調味蔬菜5類。日本雄澤三郎（1952）綜合栽培、利用和植物學特性將蔬菜分為豆類、瓜類、茄果類和雜果類、塊根類、直根類、葉菜類、生菜和香辛類、柔類、蔥類、菌類等10類。中國吳耕民（1939）將蔬菜分為：根菜、莖菜、花菜、果菜及雜菜等5類。目前中國蔬菜園藝學者依照農業生物學分類法將蔬菜分為：根菜類、綠葉菜類、白菜類、甘藍類、芥菜類、薯芋類、蔥蒜類、茄果類、瓜類、豆類、水生蔬菜、多年生及雜類蔬菜、食用菌類等***13類《中國蔬菜栽培學》，1987）。在上述13類蔬菜外，還增加了野生蔬菜類（《中國農業百科全書蔬菜卷》，1990）。後來又增加壹類芽苗菜（《中國蔬菜栽培學修訂版》，2008），***15類。綜上所述，目前蔬菜的分類，主要有植物學分類、按食用器官分類、農業生物學分類三種方法。
（壹）植物學分類
蔬菜植物學分類主要根據其形態特征、系統發育中的親緣關系進行分類（曹壽椿，《中國農業百科全書蔬菜卷》，1990）。目前中國栽培食用的蔬菜涉及紅藻門、褐藻門、藍藻門（統稱藻類植物）、真菌門（菌類植物）、蕨類植物門、被子植物門（統稱高等植物）等6個門。其中，屬於藻類植物的9個種，屬菌類植物的近350個種，其中大部分為野生種，人工栽培的僅20種左右（近年有所增加——筆者註），屬於蕨類植物門的有10種左右，均為野生；大量的是被子植物門的高等植物，在中國栽培的約涉及36個科，200多種。植物學分類的優點是蔬菜植物不同科、屬、種間，在形態、生理、遺傳，尤其是系統發生上的親緣十分明確；而且雙名命名的學名世界通用，不易混淆，是明確蔬菜植物親緣關系的重要依據（見附表2中國常用蔬菜的名稱及學名）。
（二）按食用器官分類
對屬於被子植物門的蔬菜，按照其食用器官的不同可分為根、莖、葉、花、果5類。
1.根菜類
分為：肉質根直根類蔬菜，有蘿蔔、胡蘿蔔、根芥菜、蕪菁、蕪菁甘藍、根菾菜、辣根、防風等；塊根類蔬菜，有豆薯、葛等。
2.莖菜類
分為：地下莖類蔬菜，有馬鈴薯、菊芋、山藥等；根狀莖類蔬菜，有蓮藕、姜等；球莖類蔬菜，有荸薺、慈姑、芋等；嫩莖類的有茭白、蘆筍、筍用竹等；肉質莖類蔬菜，有萵筍、球莖甘藍、莖芥菜等。
3.葉菜類
分為：普通葉菜類，有白菜、葉芥菜、菠菜、芹菜、莧菜、葉菾菜等；結球葉菜類，有大白菜、結球甘藍、結球萵苣等；葉變態的鱗莖類，有洋蔥、大蒜、百合等；香辛類葉菜，有韭菜、大蔥、細香蔥、分蔥、芫荽、茴香等。
4.花菜類
有黃花菜、花椰菜、菜薊等。
5.果菜類
分為瓠果類蔬菜，有黃瓜、南瓜、瓠瓜、冬瓜、西瓜、甜瓜、絲瓜、苦瓜等；漿果類蔬菜，有番茄、茄子、辣椒等；莢果類蔬菜，有菜豆、豇豆等。
按食用器官分類在根據食用和加工的需要安排蔬菜生產方面有實用意義。多數食用器官相同的蔬菜，其生物學特性及栽培方法也大體相同，如根菜類中的蘿蔔和胡蘿蔔雖分別屬於十字花科和傘形花科，但對栽培環境條件和栽培技術的要求卻非常相似。不過按食用器官分類也有壹定的局限性，即不能反映同類蔬菜在系統發育上的親緣關系，部分同類的蔬菜，如根狀莖類的蓮藕和姜，不論在親緣關系上還是生物學特性及栽培技術上，均有較大的差異（曹壽椿，1990）。
（三）農業生物學分類
參照蔬菜的植物學分類和按食用器官分類，根據各種蔬菜的主要生物學特性、食用器官的不同，並結合其栽培技術特點，將藻類和蕨類植物以外的蔬菜***分為15類。
1.根菜類
包括蘿蔔、胡蘿蔔等蔬菜，以膨大肉質直根為食用器官，其生長後期，食用器官膨大時，要求冷涼的氣候條件和疏松的土壤。
2.白菜類
包括大白菜、白菜等。以柔軟的葉叢、葉球、花球或花薹為食用器官。其生長要求冷涼、濕潤的氣候和氮肥充足的肥沃土壤。
3.甘藍類
包括結球甘藍、花椰菜、球莖甘藍、抱子甘藍、青花菜、芥藍等。以柔嫩的葉叢、葉球、側芽形成的小葉球、膨大的肉質莖、花球或花莖為食用器官。要求溫和、濕潤的氣候，適應性強；具有由種子發芽後長成壹定大小的植株時才能接受溫度感應而進入生長發育的特點。
4.芥菜類
有根芥菜、葉芥菜、莖芥菜、薹芥菜等。以膨大的肉質根、嫩莖、花莖、側芽、柔嫩的葉叢、葉球等為食用器官。要求冷涼、濕潤的氣候。易受病毒病的危害。這類蔬菜具有含硫的葡萄糖甙，經水解後產生有揮發性的芥子油，具有特殊的辛辣味。
5.綠葉菜類
包括要求冷涼氣候的菠菜、芹菜、萵苣、芫荽、茴香、茼蒿等和要求溫暖氣候的莧菜、蕹菜、落葵等。以嫩葉、葉柄和嫩莖為食用器官。
6.蔥蒜類
包括洋蔥、大蒜、大蔥、韭菜等。以鱗莖或假莖、葉為食用器官，耐寒性、適應性強。用種子或鱗莖繁殖。
7.茄果類
包括番茄、茄子、辣椒等。均為茄科植物，以果實為食用器官。生長、結果要求溫暖的氣候和肥沃的土壤。
8.瓜類
包括黃瓜、南瓜、冬瓜、瓠瓜、西瓜、甜瓜、絲瓜、苦瓜等。莖蔓生，雌雄同株異花。均為葫蘆科植物，以果實為食用器官。要求溫暖的氣候，需進行嚴格的植株調整。
9.豆類
包括菜豆、豇豆、蠶豆、豌豆、刀豆、菜用大豆等。均為豆科植物，以莢果或種子為食用器官。蠶豆、豌豆要求冷涼的氣候，其他豆類蔬菜都要求溫暖的環境。
10.薯芋類
包括馬鈴薯、山藥、芋、豆薯、姜、葛等，以肉質地下莖（或根）為產品器官。均較耐熱（只有馬鈴薯不耐熱），且生長期較長。
11.水生蔬菜
包括蓮藕、茭白、慈姑、茡薺、菱、芡等。要求在淺水中生長和溫暖的氣候，多采用營養繁殖（菱和芡除外）。
12.多年生與雜類蔬菜
包括香椿、筍用竹、黃花菜、蘆筍、草莓、食用大黃以及黃秋葵等，大多壹次種植，可連續采收數年。
13.芽苗類蔬菜
包括黃豆芽、綠豆芽、黑豆芽、蠶豆芽，豌豆苗、蘿蔔苗、蕎麥苗以及香椿芽、花椒芽等，以幼芽或幼苗供食。
14.食用蕈菌
包括雙孢蘑菇、草菇、香菇、木耳等，人工栽培的20種，還有大量的野生種。
15.野生蔬菜
包括蕨菜、薇菜、野莧菜、馬齒莧、地膚、芝麻菜、蔊菜、沙芥、諸葛菜、費菜、土人參、藤三七、菊芹、少花龍葵、酸模葉蓼等野生或半野生（開始少量人工栽培）狀態的種類。
另外，也可按蔬菜對溫度的適應性進行分類，根據各種蔬菜對溫度條件的不同要求及其對高溫和低溫的耐受程度，將蔬菜植物分為5類（不包括藻類、菌類和蕨類植物），這壹分類是安排蔬菜栽培季節的重要參考依據。①耐寒的多年生宿根蔬菜：包括韭菜、黃花菜、蘆筍等。在生長季節，地上部能耐高溫；冬季地上部枯死，以地下宿根（或莖）越冬，能耐-10℃以下的低溫。②耐寒的蔬菜：包括菠菜、芫荽、大蒜、洋蔥、大蔥等。在15～20℃時同化作用最旺盛，能耐-1～-2℃的低溫和短期的-5～-10℃的低溫。③半耐寒的蔬菜：包括大白菜、白菜、蘿蔔、胡蘿蔔、結球甘藍、豌豆等。在17～20℃時同化作用最旺盛，能耐短期的-1～-3℃的低溫。④喜溫蔬菜：包括黃瓜、番茄、辣椒、菜豆、茄子等。適宜同化溫度為20～30℃，不耐霜凍，溫度10～15℃以下授粉不良，易引起落花，35℃以上則生長和結實不良。⑤耐熱蔬菜：包括冬瓜、南瓜、西瓜、豇豆、刀豆、莧菜、蕹菜等，溫度在30℃左右時同化作用旺盛，35～40℃時仍能正常生長、結實。
除上述分類方法以外，還有根據蔬菜植物對光照強度的不同反應分為：強光照、中光照和較弱光照蔬菜；根據蔬菜植物生長發育對光周期的不同反應分為：長旋光性、短旋光性和中旋光性蔬菜；根據蔬菜植物對水分吸收和消耗的差異分為：消耗水分很多但對水分吸收力弱的蔬菜，消耗水分不很多而吸收力強的蔬菜，消耗水分少但吸收力弱的蔬菜，水分消耗量中等、吸收力也中等的蔬菜，消耗水分很快、需在水中生長的蔬菜等5類；根據蔬菜植物對土壤pH值的不同要求分為：耐微弱酸性（pH6.0～6.8）的蔬菜，耐中等酸性（pH5.5～6.8）和耐強酸pH（5.0～6.8）的蔬菜3類。此外，還有根據根系的深淺、對肥料的不同要求，吸收土壤營養量的多少以及對生態環境的不同要求……而進行的各種不同的分類（《中國蔬菜栽培學》，1987；《中國農業百科全書蔬菜卷》，1990）。