14-16世紀文藝復興時期影響整個歐洲的波吉亞家族，其前身為西班牙瓦倫西亞（Valencia）地區的貴族，歷代擔任瓦倫西亞的教職。家族可上溯至阿拉貢王室，擁有龐大的政治勢力和財富。
在1455年之後，由於原為瓦倫西亞主教的阿方索·德·波吉亞（Alfonso de Borgia，1378-1458）被選舉為教皇加裏斯都三世，使整個家族在十五世紀中葉開始大放異彩。接著加裏斯都三世的侄子羅德裏格·波吉亞（Rodrigo Borgia，1431-1503）也在1492年成為教皇亞歷山大六世。
愷撒是亞歷山大六世與情婦瓦諾莎·卡塔內（Vannozza dei Cattanei，1442-1518）的私生子，誕生於羅馬，這時的亞歷山大六世尚未登上教皇之位，盡管依天主教教義，主教、教皇不能結婚生子，但是在這個“禮崩樂壞”的時代裏，愷撒以及他的兄妹都是人盡皆知的教皇和他的情婦瓦諾莎的私生子女。亞歷山大六世由此成為文藝復興時期教廷腐敗墮落的象征，他不僅私生活上毫不檢點，政治上也擁有超出尋常的野心。他計劃把自己的長子培養成軍事統帥，把次子愷撒培養為宗教領袖，以使波吉亞家族在政教兩方面都成為意大利的統治家族。因此愷撒在18歲就成為了紅衣主教。 路易吉·波吉亞（西班牙語：佩德羅·路易斯），甘迪亞公爵（Pier Luigi de Borgia，1460？—1488），同父異母的哥哥，早逝，爵位由喬瓦尼·波吉亞繼承 。
喬瓦尼·波吉亞（西班牙語：胡安），甘迪亞公爵（Giovanni Borgia，1476？—1497）。目前還不清楚喬瓦尼是出生在1474年還是1476年，他曾長期被認為是亞歷山大和瓦諾莎的長子。但現代歷史學家，基本贊同他最有可能在1476年出生，比他的兄弟愷撒年輕 。
盧克雷齊婭·波吉亞，費拉拉、摩德納和雷吉奧公爵夫人（Lucrezia Borgia，1480—1519） 。
傑弗裏·波吉亞，斯奎拉切王子（Gioffre de Candia Borgia，1482—1522） 。 愷撒是亞歷山大六世喜愛的兒子，是教皇竭盡所能不顧名聲的袒護的愛子。雖然是“私生子”，然而由於父親位高權重，愷撒的出生被教會認為是“合法的”，並被教廷授予聖職 。
7歲，成為瓦倫西亞的牧師； 8歲，被任命為教皇的秘書長；9歲，成為甘迪亞（Candia）的教區長、Albar和哈蒂瓦（Jativa）的教務長，以及卡塔赫納大教堂（Cartagena）的司庫。當然，這些職務都是帶薪的，享受教廷的俸祿。愷撒在12歲之前，壹直居住在羅馬並接受家庭教師的教育。
愷撒早期的導師是保羅·蓬皮裏奧（Paolo Pompilio）和喬凡尼·維拉（Giovanni Vera），兩個加泰羅尼亞人。愷撒被公認為非常有才華，以及被認為是“意大利最英俊的男子”，1489年於佩魯賈（Perugia）大學學習法律，後轉入比薩大學，師從著名法學家菲利波Decio，學習民俗法和教會法，並很快獲得了學位。之後，於比薩繼續學習神學。
1491年，16歲的愷撒完成了所有的學業，被授命為西班牙潘普洛納（Pamplona）的主教。
1492年，被任命為瓦倫西亞大主教，壹年後升為樞機主教。
愷撒年紀輕輕就已幾乎距象征宗教世界最高掌權者的教皇之位只有壹步之遙，這是當時絕無僅有的事。在父親成為教皇的頭幾年裏，愷撒在梵蒂岡過著放蕩不羈的生活。 1496年1月25日，法國國王查理八世為征服拿波裏（又名那不勒斯，Naples）途經羅馬時，愷撒被作為保證教皇支持的人質陪伴在查理八世身邊。但從維萊特裏（Velletri）逃回羅馬後，愷撒很快就顯露出其野心勃勃的本質。
1497年6月，愷撒的兄弟胡安被謀殺。7月，愷撒作為教皇的使節到拿波裏為阿拉貢的弗雷德裏克（Frederick of Aragon）加冕。由於胡安的死，教皇需要愷撒來完成他的政治計劃，並且設法為他安排壹樁有利的婚事。愷撒希望迎娶卡洛塔（Carlotta），拿波裏國王的女兒，但是拿波裏國王父女堅決的拒絕了這個教士和教士的私生子。
1498年8月17日，23歲的愷撒在樞機主教會議上向樞機主教們和教皇提出允許他結束主教生涯的申請，這是史上第壹個自請辭職的神職人員。他的教皇父親為滿足他的願望，解除了所有他的神職義務，與其說是要讓他壹心於收復教皇國的轄地，不如說是要成全他壹統意大利的野心。
1498年4月7日，查理八世無嗣而終，10月1日，愷撒帶著衣飾華麗的邑從們作為教皇的使節來到法國，為新任法國國王路易十二帶來了教皇取消他和法蘭西的珍妮（Jeanne of France）的婚姻消息，因為路易十二需要和布列塔尼的安妮（Anne of Brittany，查理八世的遺孀） 結婚，確保布列塔尼和勃艮第兩公國留在法國版圖之內。作為交換，愷撒被路易十二冊封為瓦倫蒂諾公爵（Duke of Valentinois），以及對他事業的軍事進行援助。據說法王為了攏絡愷撒，特意將封地選在和瓦倫西亞（Valencia）這個地名相似的瓦倫蒂諾（Valentinois）。愷撒在法國遇見了拿波裏的卡洛塔，卻沒能獲得她的芳心。
1499年5月，愷撒接受了同路易十二表妹夏洛特的婚姻。同時，愷撒開始征服羅馬涅（又名羅馬尼阿，Romagna）地區，隨後占領了 伊莫拉（Imola）和弗利（Forli）。愷撒帶領著壹支小的雇傭軍軍隊就在短時間裏將教皇國內的封建勢力驅逐出去，使他的權力迅速增長並成為教皇國軍隊領袖，掌旗官（中世紀意大利***和國的長官）。
1500-1501年，愷撒先後占領了 裏米尼（Rimini）和法恩紮（Faenza），佩薩羅（Pesaro）等地。
1501年7月，在取得博洛尼亞（Bologna）後，愷撒回到羅馬參加與西班牙瓜分拿波裏的陰謀。此時，他已是意大利廣闊領土的統治者，教皇所封的羅馬尼阿公爵（Duke of Romagna）。之後，他繼續攫取厄爾巴島（Elba Island）、凱馬裏諾、 皮昂比諾和烏爾比諾公爵領地，進而覬覦佛羅倫薩***和國屬地阿雷佐（Arezzo）。
1502年6月，烏爾比諾（Urbino）投降，烏爾比諾公爵古達保度·達·蒙特費爾特羅（Guidobaldo da Montefeltro），壹度是他盟友，直到愷撒認為他不再有利用價值，迫使他連夜只身逃跑。
1502年9月，愷撒與列奧納多·達·芬奇簽署合同，雇傭達芬奇為其軍事建築師及工程師。
1499至1503年間，是愷撒權力的巔峰，他自身的強大及非凡才幹（或許還有那些殘忍手段），加上背後強硬的後臺（法國國王以及教皇父親），他的殘忍，他的審慎，他的好運使全意大利為他而恐懼。他的貪婪是無窮無盡的，他不能容忍任何反對者；但是，不同於他的父親，他是怪癖，沈默而無情的。
1502年，任佛羅倫薩***和國書記官的馬基亞維利曾奉使駐節於博爾吉（Borghi）的王廷，企圖與愷撒修好，以求返還占地。他親眼看到愷撒如何交替使用不同的手法，有時是冷靜矜慎，有時是旁若無人；常常是口頭上說盡了甜言蜜語，行動上則殘暴無比；同時又以偽裝善良與背信無義的作風處世待人。他對於那些屬於他強權之下的被征服的人民，不惜使用種種殘酷恐怖的手段，壓制反側；對於那被征服的國家，更是以獨裁高壓的手段，做最有效的箝制。
馬基雅維利對於愷撒玩弄權術的手段十分佩服，他認為：為王者固當如是。 1503年8月，愷撒和他的父親同時被投毒（壹說為疫病），導致愷撒病入膏肓，以及他父親的突然死亡（1503年8月18日）。此時在他的背後，只有羅馬尼阿是堅固的，其他壹切都處於風雨飄搖中，而仍然在生死邊緣掙紮的愷撒，無法采取任何行動。而正是這壹沒有任何防備的偶然的事故，導致了他的夢想毀滅。他父親去世的消息抵達時，正在計劃征服托斯卡納（Tuscany），雖然他在聖天使堡（Castel Sant'Angelo）進行康復治療，但他的軍隊仍控制著秘密會議（樞機主教選舉教皇的會議）。
1503年10月18日，愷撒所扶持的新教皇庇護三世在位僅僅27天即死於腿部潰瘍 。期間庇護三世曾計劃逮捕愷撒，但被愷撒從聖天使堡逃脫。隨後，愷撒不得不被迫支持宿敵朱利安諾·德拉·羅韋雷（Giuliano della Rovere，1443-1513年，前教皇西克斯圖斯四世的侄子），朱利安諾許諾保持凱撒的頭銜及榮譽；同年11月1日，羅韋雷順利繼任教皇（即尤利烏斯二世）。但是，當愷撒前往羅馬尼阿平息反叛時，卻在佩魯賈附近被吉安·保羅·巴廖尼（Gian Paolo Baglioni）扣押監禁。
至此，愷撒不得不交出他在羅馬尼阿所有的城堡。但是，側澤納、弗利和貝特諾羅（Bettinoro）的管理者拒絕接受已經成為囚犯的主人的投降命令，最後他們與尤利烏斯二世達成協議，以釋放愷撒為條件放棄這些城堡。愷撒被釋放後去了西班牙占領下的拿波裏，拿波裏的西班牙統治者岡佐洛·多·卡多瓦（Gonzalo do Cordova）為他提供了安全通行權。 1504年5月，愷撒正在為將來打算時，他所信任的岡佐洛接受了西班牙國王斐迪南二世（Fernando Ⅱ el Católico）的命令，以擾亂意大利的和平的罪名逮捕了他。
1504年9月，愷撒被帶回西班牙，秘密囚禁在梅迪納坎波（Medina del Campo）的拉·莫塔城堡（Castle of La Mota）。
1506年11月，愷撒從西班牙監獄逃脫，逃到了他妻子的兄弟納瓦拉國王的宮廷，並與之結盟。
1507年3月12日，愷撒進攻勒林伯爵（Count of Lerin）占據的維安納（Viana）城堡，在這場可疑的小型戰鬥中，孤身壹人陷入圈套而陣亡。年僅31歲的愷撒手握著武器戰鬥到了最後壹刻，他的佩劍上刻著：不為愷撒，寧為虛無（Aut caesar,aut nihil)。
愷撒最初被安葬在維亞納聖瑪利亞大教堂祭壇下面的壹個大理石墓裏，上面題詞：Here lies in little earth one who was feared by all,who held peace and war in his hand.1537年，壹位鼓吹愛與仁慈永無止盡的卡拉奧拉主教，認為這是對神明的褻瀆，下令摧毀墳墓，並將遺骸轉移到教堂外。2007年，為了紀念他去世500周年，潘普洛納大主教費爾南多·塞巴斯蒂安·阿吉拉爾（Fernando Sebastian Aguilar），授權將他的骨灰轉移到教堂內。如今這裏有壹尊他的雕像。
愷撒·博爾吉亞是典型的意大利文藝復興時期湧現出的冒險家之壹，但他比其他的競爭者來更加聰明和無所顧忌。他征服的手段是兇殘而狡詐的，但壹旦征服完成，他能夠穩定而公正的統治他的領地，所以他的統治比起政治混亂的小集團和地方暴君更可取。但他的成功主要是由於教皇的支持，當他的父親去世他的事業也隨之結束，無法再繼續對意大利產生突出的影響。